认部门和单位以前年度支出事实的基础上，根据历年的决算数据倒推出来的。这样的定额，将传统功能预算下的部门间苦乐不均的状况给予延续，承认了以前不公平的部门间支出水平，无法真实反映部门单位的职能大小和权责轻重。
2、确立科学的定额标准体系往往容易遭遇两难悖论。在实践过程中，科学定额体系的建立非常容易陷入一个两难悖论。一方面为了使定额标准更加接近单位的实际情况，与定额直接相关的部门单位分类分档应该越细越好，从理论上讲，应该一个部门单位一个定额方能最大限度地贴近单位的实际需要。但分类分档越细也就失去了确立定额标准的目的，定额标准涵盖的范围过窄，预算分配的公平性也很难得到体现。另一方面，如果过分强调预算定额的统一，抑制个性突出共性，类档线条粗犷，对部门职能的特殊性考虑不够，又难免造成削足适履，不利于部门工作开展和积极性的发挥。
3、从部门预算的实践看，关于预算定额的另一个重要问题就是定额的调整问题，即如何调整和调整频率。是根据财力状况按“基数加增长”的方式调整，还是个别部门、个别项目微调，是定额相对稳定还是每年调整，这些问题不解决，都会对部门预算编制产生不利影响。
（四）以收付实现制为基础的预算会计与部门预算改革不相适应。
目前人们对预算会计改革与国库集中支付等的直接联系已经基本形成共识，但对预算会计改革对部门预算的影响却没有给予应有的关注。
1、现行预算会计制度无法为部门预算编制提供准确的会计信息。在“基数法”预算编制方式下，对预算决策时不需要过多的部门会计信息，只是按照上年基数根据财力可能并酌情考虑部门的特殊情况确定一个适当的增长比例即可，传统的会计核算基础存在的弊端也没有显现出来。但在零基预算方式下，要根据各部门的职责、占用的经济资源、人员配备等客观因素，一切从“零”开始来确定部门的资金使用额度。由于我国的预算会计主要侧重于财政资金的收支核算，对各单位占用的大量长期资产关注不够，固定资产的建造和使用在管理上脱节，固定资产办理竣工验收交接手续后方可在行政事业单位账簿中登记和反映。同时，固定资产入账后，按照现行制度的规定不计提折旧，从而无法真实反映固定资产的使用情况，虚增了资产价值。行政事业单位资产核算中存在的账目不实、价值虚增等问题，不能真实、完整反映各部门占用的经济资源及使用情况，无法为编制部门预算提供清楚的“家底”。
2、随着新公共管理浪潮在西方的兴起，有些国家以提高决策质量和公共部门的效率为改革的主要目标，提出以“绩效管理”为框架，细化部门预算，预算编制由过去的“投入法”改为“产出法”,强调部门所提供服务的效果和效率。可以说，对部门进行绩效管理最终还是要归于对部门预算的绩效评估、衡量和追踪上。公共管理改革，对预算会计核算提出了更高的目标，不仅要能够全面、完整地反映政府拥有的经济资源和承担的债务，还应能够核算和反映公共资源的优化配置和合理使用情况，提供公共部门的绩效考核指标。而这些目标在传统的收付实现制会计基础下都难以实现，迫切要求采用修正的权责发生制基础。
二、完善部门预算改革的措施和建议
（一）规范预算编制程序。一是适当提前预算编制时