为依托构建新的预算管理体系。从近几年的部门预算改革实践看，财政部门与政府其他部门的关系还没有很好的理顺。
1、部门预算是以部门为主的“被动”预算。我国目前的部门预算主要是依靠部门来编制的，财政部门只是在部门上报预算的基础上，根据财力状况酌情砍压，最终汇总编制财政总预算。相当多的人将其视为部门预算的巨大优点，认为将具体的预算编制工作下放给部门，有利于财政部门腾出时间进行宏观管理。究其实质，则是财政部门无法全面掌握部门的预算资源、预算需求，客观上造成了以部门意见为转移的局面。从西方部分国家部门预算编制看，更多的是一种“主动”预算编制，法国预算局甚至是根据自己掌握的信息直接编制各部门的预算，然后以此与各部门见面商讨。
2、财政在同部门间的博弈中往往处于劣势。财政与部门之间由于职能和分工的不同，它们之间存在着严重的信息不对称，致使财政难以准确了解部门真正需要的资金金额，这就产生了道德风险和逆向选择，部门往往会通过抬高预算额度来欺骗财政部门。财政对政府其他职能部门的道德风险和逆向选择是了解的，总是要凭经验对部门提报预算进行削减。在这种情况下，如果一个部门实事求是的提报自己的资金需求，反倒得不到足够的资金，因为财政部门理所当然地认为它也抬高了价格。在这种共识的指导下，部门提报预算肯定会大大高于实际的资金需求量，也会大大高于政府财力可能，财政在与部门间的博弈过程中仍处于劣势。
3、财政内部各处（科）室存在着“自我扩张”意识。部门预算改革一个重要的配套措施就是理顺财政内部的管理体制，对各业务处（科）室职能重新界定，一个预算单位只对应一个财政业务处（科）室，实现预算分配管理主体一元化。在这种情况下，分管业务处（科）室站在各自不同的角度，为分管部[此文章由21秘书代写网 https:///独家原创]门争资金，争项目，而不是站在财政全局的角度，对部门上报预算进行严格的审查。经各业务处室审核后初步汇总编制的财政预算要大大高于当年可用财力，预算处只好根据当年财力状况逐个儿与业务处室谈判，有的地方甚至只好使用“基数法”，根据各业务处室上年分配资金额度适当增长后切块到处室，以确保财政预算总额不突破。财政内部的这种“自我扩张”机制，客观上降低了预算编制效率。
4、预算分配权不统一，事业单位退出机制不畅。目前在财政部门之外，还有部分部门具有预算分配权。多重预算管理分配权不仅与市场经济与公共财政的要求不相适应，还影响到部门预算编制效率，提高了部门预算编制、执行、决算过程中的交易成本。对事业单位而言，则存在着改革滞后、退出机制不畅的问题，最典型的就是目前各地普遍存在的“差额改全额”的现象。在以前收费、罚款没有得到有效控制的时期，各地增设了很多依赖收费生存的事业单位，这些单位可以说是“因费而生”。随着国家对收费项目的清理、取消，很多赖此生存的事业单位失去了经费来源，这些“因费而生”的单位本应“清费而灭”，却借取消收费之机改成了财政全额拨款单位。
（三）科学的定额标准体系尚未建立。
1、现行的定额标准仍然具有“基数法”的痕迹。部门预算的重要基础是科学、合理的定额体系。现行的定额不根据单位的工作任务和财力的可能计算出来的，而是在承