随着我国部门预算改革的不断深入，部门预算制度日趋完善，改革的成效正在逐步明显。现对当前部门预算改革中存在的深层次问题进行分析和阐述，并提出完善部门预算制度的建议和措施。
一、部门预算改革中存在的问题
（一）缺乏部门预算编制的监督和绩效考核机制。
1、人大对部门预算的监督流于形式。目前人大审议部门预算的时间很短，在如此仓促的时间内，要想认真、逐项地审议部门预算很难做到，只能对预算进行总体性、一般性审查，最终流于形式。从西方近代议会的发展史可以看出，近代议会是在争取财政权的过程中得以产生、发展和壮大的，可以说，议会的财政权甚至是先于立法权而存在。而长期以来我国人大对政府财政的监督一直比较弱化，部门预算改革也没有从根本上扭转这一局面。在人大对部门预算的审批权缺位情况下，仅仅由财政部门自我自发改革，那么这场改革也是不彻底的，更不能提高到“革命”的高度。
2、部门预算执行出现法律空档。我国一直实行历年制预算年度（每年1月1日至同年12月31日），而中央和地方预算草案要待3月份以后举行的各级人代会审批（全国人代会一般在3月份召开，近几年来地方人代会召开时间有前移至1-2月份召开的趋势），致使预算年度的起始日先于人代会审批日，造成部门预算获得批准并开始执行的时间远远滞后于预算的编制，这意味着一年中有1/4的时间实际上没有预算，或者说执行的是未经法定程序审批的部门预算，不仅冲击了预算的正常进行,而且使部门预算的严肃性大打折扣。
3、部门预算的透明度不高，公众参与度较低。目前，公众对预算的了解，恐怕只有报纸登载的财政预算报告，其他所有的政府的或部门预算数据、决策过程对普通公众而言，几乎都属于机密范畴。这与西方一些国家可以通过互联网免费下载、在书店里购买到政府预算一揽子文件形成了鲜明的对比。预算反映着政府的职能与政策的方向，预算收支的多与少、预算来源的变化、预算资源投入的范围，都对公众和企业产生实质的影响。提高部门预算的透明度和参与程度，让公民、企业对自己将要承担的纳税义务与将要获得的公共服务，发表看法，提出建议，不仅有利于预算决策的科学化和民主化，而且也便于预算通过后的有效执行和政策的顺利推进。
4、没有建立对部门预算编制质量和项目绩效的考核机制。尽管部门预算改革在全国各级广泛推开，但部门预算的编制质量如何，部门决算同年初部门预算的差异程度有多大，鲜有人对此进行详细考究。从这个角度看，部门预算改革还不够深入和彻底，形式上的改革恐怕要多于内容上的改革。同时，部门预算特别是项目支出预算尚没有建立起有效的绩效考评、追踪问效机制，在具体编制过程中，由于项目缺乏可比性，可行性论证也不够充分，难以做到分轻重缓急排列次序。对于财政预算安排项目的实施过程及其完成结果进行绩效考核尽管也是大势所趋，但各级财政部门对此普遍缺乏经验，而事实上也存在较大难度。
（二）财政与部门间的关系难以理顺。部门预算改革的本质特征就是改变了原来按财政资金性质和部门交叉管理的方式，以部门