内部审计工作是检查、监督、评价金融部门的业务、财务等各方面工作的职能部门，做好内审工作，对于农村合作金融机构实施监督，督促员工遵纪守法，指出工作中存在的问题和不足，提出针对性的整改意见，总结成功经验和失败教训，趋利除弊，扬长避短，保证业务顺利开展，稳健运行，都具有非常现实的指导监督作用，发挥着医疗队、消防队、助推器的作用。
目前，在审计稽核队伍中，仍存在着素质不高、应变能力差、审计手段传统落后，缺乏足够的权威性和独立性，缺乏完整的科学性和有效性等问题；审计部门与其它业务部门之间，仍缺乏必要的协作与沟通，没有完全做到审计方法先进、资源共享、良性互动。在具体工作中，往往是就事论事，虎头蛇尾，缺乏必要的跟踪与反馈，缺乏相对严格的惩治与整改。由于审计部门提供的数据和资料不够及时、完整、准确，其真实性和内审质量被大打折扣，从而使上级提出决策、改进工作、完善部署出现差异，甚至失误。
温家宝总理说过：“道德缺失，是导致这次国际金融危机的一个深层次原因。一些人见利忘义，损害公众利益，丧失道德底线。因此，金融文化和金融伦理道德是金融法律、制度和规则的核心与基础。”金融是个高风险行业，个人操守不好，能力越强，风险越大。防范金融风险，尤其道德风险，在目前国际金融危机形势尚未见底、继续蔓延的情况下，内审工作的重要性更具有非常现实的指导意义。农村合作金融机构作为我国金融组织体系的重要组成部分，对促进“三农”经济健康发展发挥着不可替代的重要作用。特别是当今国家强化农业基础地位，提出建设社会主义新农村，“三农”方面的信贷需求越来越大，而农村合作金融机构点多面广，遍布城乡，传统优势使其在支持“三农”方面大有可为。然而，长期粗放式的管理与经营，加之农业属弱质产业，投入周期长，风险大，在农业保险业务不完善，农贷担保机构不健全等相关因素的影响下，农村合作金融机构仍存在着历史包袱较重、资产结构不合理、风险集中，资产质量较差、抵御风险有效资金紧缺等问题，加之业务人员素质跟不上，在社会上不正之风的影响下，冒名、跨区、垒大户等违规贷款较多的问题至今没有很好解决，个别地方以贷结息、以贷转贷等内部操作上的道德风险问题也没有很好解决，再加上社会信用环境不理想，农户还贷意识较差、盲目攀比等因素影响，致使目前农村合作金融机构存在一定数量的隐性不良资产。这些问题如何解决，笔者认为，必须加强内审工作，亡羊补牢。
一是要妥善处理好金融服务与监督的关系问题。在金融工作中，政府及农户方面往往是强调服务的多，忽视资金来源和经营风险。必须强调：市场经济也是风险经济，国家重视农业，号召向农业倾斜，强化农业主体地位，保障十几亿人吃饭问题本无可厚非。但作为经营货币的特殊企业，农村合作金融机构如果放弃自身性质、发展规律和经营原则，成为财政的出纳和政府的“钱袋子”，靠放松贷款条件来满足农村资金的刚性需求，只能是权宜之计，缓兵之计。从长远看，这样做的后果会使农村合作金融机构回到改革前的老路上去，最终因行政命令和政府行为酿成大量的不良资产，这与科学发展观的根本要求相悖，与“把银行办成真正的银行”相悖，无益于农村经济的良性循环和可持续发展。不谋万事者不足谋一时，不谋全局者不足谋一域。因此，作为决策部门，必须妥善处理好金融服务与监督的关系。内审人员要具备辩证思维和哲学头脑，立足当前，胸怀全局，突出重点，统筹兼顾，科学、客观、全面地看待问题，要在全面提高信贷管理水平、有效防范信贷资金风险的前提下，最大限度地向农业投入，向农村倾斜，支持三农，支持农村经济发展，并取得