免征农业税之后，农民负担确实减轻了，而乡村两级组织的运转却出现了前所未有的困难，尤其对贫困地区来说，财政拨给乡镇的经费只够发工资，而人头经费在事业人员中，也很少甚至没有，比如乡镇企业管理员根本没有经费。虽然农民的负担没有反弹，但乡镇工作开展却极其困难，乡镇处于两难境地，改革是唯一出路。只有改革才能适应新的形势、任务的要求，切实提高乡镇政府社会管理和公共服务能力，为农村发展创造良好的社会环境。
1、职能转变。过去乡镇一级本身就承担许多本不该由乡镇承担的工作，法律法规明确是县里的，却转嫁给了乡里，动不动签定责任状，给乡镇增加负担。比如，收税问题就明显倒置了责任主体。各个职能部门组织的大量考核达标，与乡里和百姓无关，但加重了乡镇的负担。也就是说原本就不属于乡镇的职能，又怎么能靠乡镇来转变?
转变职能的同时应该注意工作方式的转变，应由行政推动型向主动服务型和市场引导型转变，变领导为指导、监督为引导。
2、机构设置。根据乡镇工作执行性、综合性、直接性、不完整性等特点，机构设置应少层级、多层面、扁平、宽带、综合化，或乡镇行政不再设置内设机构而直接设置若干岗位。事业单位能市场化的尽量市场化、尽量变“养人”为“养事”。
3、编制精简与核定。乡镇行政编制并不多，要真正履行其职能、维持一级政府的正常运转，精减空间很小事业编制尽管数量也不够多，但就其发挥作用和发展趋势看，还有较大精减空间(30％左右)。
可以探索取消行政、事业编制区分，统称乡镇编制，编制核定时应考虑人口(人口应作一般因素，不是绝对因素)、管理面积、区划半径、所辖村庄、自然条件等等。
4、人员分流。对工龄比较长、年龄比较大的公务员、在不突破现有工资标准下“提前离岗”。事业人员可以参照，但需要给予改革政策的配套(限于事业正式人员)。还可以通过定编后竞争上岗，给落岗人员一定比例的工资，到退休的时候办理退休手续。
5、关于职数核定。乡镇书记同意减，认为领导多，干具体事的人就少；领导职数多需协调的关系就多，工作中矛盾也多。县委书记等主要领导不同意减，认为乡镇干部本来提拔空间就小，而精简人员安置难度大，不利于稳定。所以，中央在规定领导职数时，应适当考虑在乡镇设置非领导职数，按领导职数的比例设置。
总之，乡镇机构改革涉及面广、难点问题多、任务复杂艰巨。要确保改革顺利推进，领导认识必须到位，职能部门工作必须到位，宣传发动必须到位。