除建立强有力的外部监督机制外，必须使行政事业单位的财务内部监督成为一种以法律为基础、为依据的有效监督，因此应从以下几方面强化管理。
⒈范预算单位的设置
凡独立核算的单位必须具备独立核算的条件，这是实行独立核算的前提。一些行政事业单位由于业务的限制，人员较少，会计业务也较少，大部分没有财务专业人员，也不按照会计制度的要求进行合理分工，有的会计人员身兼数职，不能按要求进行合理分工，达不到互相牵制的目的。如有的单位会计兼采购，有的采购兼审批，更有甚的单位会计出纳一人兼。有的会计人员由于不是专业人员，不了解财务知识，发挥不了会计的监督作用。完全不具备独立核算的条件。笔者认为，对于编制在人以下的单位不易独立开户，应实行财务集中支付制度；对于虽然编制在人以上，但单位没有财务专业人员的，由财政部门予与委派或以系统、部门为单位，实行集中支付。
⒉加强对会计人员的资格审查和业务培训工作
按照《会计法》的规定，从事会计工作必须具有会计资格证。行政事业单位也不能例外，财政部门要加大对从业人员资格的审查力度，没有会计资格证的人员一律不得从事会计工作。同时财政部门和主管部门要对会计人员定期进行培训。因为会计法规、政策不是一成不变的，会计理论在不断发展和完善，会计实践需要不断积累和丰富。所以会计人员不仅要具备一定的专业知识和技能，而且要继续学习，不断地更新知识，努力提高自身素质，这样才能胜任会计工作，才能熟练运用会计政策和会计方法对本单位的经济活动进行记录、预算、分析和控制，使本单位的经济活动处于良好的运行状态，使资金发挥最大的效益。
⒊提高单位负责人对内部监督的认识
《会计法》规定单位负责人是本单位会计行为的责任主体，单位内部监督的成败，并不取决于会计机构和会计工作人员本身，而取决于单位负责人对会计工作的认识、重视和信任程度，取决于单位负责人对会计工作合理建议的采用率，取决于单位负责人对会计工作的“授权”和内部监督制度的建立、完善及运行有效性等方面。只有单位负责人重视，才能切实建立起有效的内部监督制度，才能在会计监督过程中遇到内部或外部阻力时，给会计人员以足够的支持，才能自觉带头遵守有关的会计监督。只有这样才能保证内部监督制度的顺利执行，会计的监督职能才能得到真正的发挥。所以提高单位负责人对内部监督的认识，是实行有效监督的前提。
⒋完善单位内部监督制约机制
内部监督的核心之一是在单位内部建立起相互制约、相互监督的机制。有效的会计管理必须有健全的规章制度作保证，使会计工作有章可循，有法可依，在制度上保证会计监督职能的充分发挥，以达到互相监督的目的，防止会计事务处理中发生的失误和差错以及营私舞弊等行为，增强财务的公开性和透明性，提高会计核算质量。笔者认为各单位应根据各自不同的性质及具体情况，依据《会计法》等法律规章，建立一套适合本单位的、完整的内部管理制度，内部制度的规定要体现相互制约机制，同时制度规定应明确具体，具有可操作性。具体应包括以下内容：
（）、明确不相容职务分离制度。一是坚持“钱、帐分管”制度，即凡涉及到款物的收付、结算及其登记的任何一项工作，必须由两人或两个以上人员分工办理；二是在会计核算上坚持复核制度，制单和审核要由两人分别负责，坚决杜绝制单、审核、财务负责人一人承包的现象；三是严格印章控制，财务专用章应由专人保管，个人名章应由本人或其授权人保管。严禁一人保管支付款项所需的全部印章。严格履行签字或盖章手续。同时会计和出纳之间分工要制度化，不能一人包办代替；四是明确审批程序