识上正确把握“三化”改革的目标，不能简单地将乡镇事业单位改革目标定位在减人、减支、减包袱上，单纯地以眼前的“减”来恒量改革的必要性，而要将目标定位在通过“三化”，盘活乡镇事业单位资源，增强服务功能和活力，促进农业生产和农村社会各项事业更大发展这个大目标上，统一思想，坚定信心，积极稳妥地推进改革。
第二，要坚持分类指导原则。要防止“一刀切”，防止操作上的“一化了之”。各地区之间以及本地区各乡镇事业单位之间的情况千差万别，既有发展的差异，也有人员、技术、业务等方面的差异。要在“三化”改革的总目标的指导下，把握关键环节，做到具体单位、具体情况具体分析，分类指导。如在企业化问题上，可以根据转制事业单位的具体情况，分别改为企业或民办非企业组织，或其他社会中介组织。在机构的组建方式上，可以是成建制转制，也可以引导其中的部分人员通过合伙、入股、联合等方式组建，也可以通过横向联合联营的方式进行组建。特别是在机构的综合设置上，可以通过引导，将业务相近的一些站所的人力、技术等资源进行整合，如农技站、水产站、特产站、农机站、畜牧站的综合设置，文化站、广播站的综合设置等。在市场化环节上，要科学界定公益性服务职责的范围、项目，逐项确定量化标准，为按事付费提供科学的技术保证。
第三，探索“三化”的多种实现形式。目前，基层和政策研究人员比较敏感的一个问题是关于“企业化”的问题，这也是一个认识上分歧比较大的问题。解决这个问题的关键是，要按照实事求是思想路线，在实践中探索“企业化”的多种实现形式，不能将“企业化”僵化地图解为仅仅是“企业”这一种机构形式，可以按照企业性的机构组织基本要素的要求，进行多种机构形式的探索。比如，对具备直接改为企业组织的乡镇事业单位可以直接改为企业组织，到工商部门办理法人登记；适合改为民办非企业组织的，改为民办非企业组织到民政部门办理法人登记；适合其他社会中介组织的，到工商或民政部门
第四，完善配套政策。一是要制定和明确化解乡镇事业单位债务的政策，对乡镇事业单位经营性的债务，可以考虑参照《企业破产法》的有关规定进行清算、化解；对其他债务，可以按民事关系的有关法律规定进行债务的转移，如应该由财政承担的欠发工资，可以确定一定的期限，由乡镇、县市以及上级财政分别负担、偿还，职工用于单位集体的集资，可以通过变买、拍买集体资产的方式予以偿还。二是制定乡镇事业单位人员身份置换的有关政策，一方面，可以考虑由中央、省、市、县四级财政出资，实行身份“买断”式的置换，同时也可以考虑，由各级财政分担支付这些人员达到法定退休年龄前的养老保险金的方式作为身份置换的补偿或保障，解除其后顾之忧，为其自谋职业提供基本养老保障。三是明确乡镇事业单位人员转制后的养老保险金的配套政策，可以考虑将这部分人员的养老待遇划分为两个部分，转制前按事业单位人员缴费并享受事业单位养老保险待遇，转制后按企业或社会人员的标准缴费，达到法定退休年龄后，综合其两个阶段的缴费标准享受相应的养老金发放待遇。