信息平台之间缺乏兼容功能的转换接口程序。银行信贷登记咨询系统从一开始就建立在各金融机构自成体系的“小系统”的基础上，各机构的信息平台之间缺乏兼容功能的转换接口程序，相关数据主要靠手工采集，需要各金融机构投入大量的人力财力，
而且极易形成迟报、漏报的现象。而《办法》作为约束各金融机构规范操作的配套措施，虽然规定了不少处罚条款，如对于迟报、漏报等现象，人民银行可依据《办法》第六章第三十二条规定，对其给予警告并责令改正，处以1万元以上2万元以下罚款，对该金融机构直接负责的主管人员和直接责任人员给予纪律处分，但由于系统网络本身的缺陷，导致各金融机构存在的问题许多都是共性的，人民银行无法按《办法》规定进行严厉制裁，只能象征性进行处罚。而且，目前各金融机构中只有城乡信用社、农业发展银行使用人民银行统一开发的程序版本，其余工、农、中、建四大国有商业银行都是使用各自开发的程序版本，给系统的统一升级和日常治理造成诸多困难。
二是系统上报的网络不畅通。基层人民银行在实际操作过程中，经常因数据传输接口出现故障，企业在办理贷款卡时所录入的数据和资料不能及时写到人民银行中心支行的数据库中，使得人民银行上下级系统数据库所记录的信息不一致，其他金融机构查询、下载企业资信信息和贷款卡信息缺乏了时效性，造成所查询到的企业资信信息不完整。在这次检查中，所查金融机构数据迟报463笔，金额10.52亿元，占全部业务量的6.7；集中上报业务356笔，金额4.37亿元，占全部业务量的2.78。非凡是农村信用社，由于在推广银行信贷登记咨询系统过程中，考虑财力负担问题，没有建立内部网络系统，采用以县联社集中录入的办法，造成大量数据录入的迟报、漏报和集中上报。在这次检查中发现，农村信用社共漏报数据164笔，金额13166万元；迟报数据115笔，金额13129万元；集中上报数据83笔，金额9798万元。再如，农行县级支行所有数据上报均由二级分行统一上报，基层行不直接上报，对是否按时上报、上报成功与否均难以把握，而二级分行由于接口问题在一定程度上影响到数据上报的准确性。
三是未建立县级金融机构查询企业贷款卡信息的渠道。目前，各县级金融机构都有自己的信贷治理系统（cms），作为其地区机构的前台终端，通过内部网络实时上报贷款业务数据；然后由其地级金融机构汇总写入人民银行中心支行的数据库。但是，县级金融机构只能查询到企业在本系统内的贷款信息，却不能利用银行信贷咨询系统查询某企业在其他金融机构的贷款信息。换句话说，银行信贷登记咨询系统仅仅在地区一级金融机构使用，没有推广到县级金融机构。在办理信贷业务时，需要由其上级行查询人民银行信贷咨询数据库，这种情况下，基层金融机构不能及时把握借款人的信用情况，给贷前调查、贷后追踪检查带来众多不利影响，使得系统的功能不能正常发挥。
4、系统服务面较窄，录入信息量不足
由于我国尚未建立和完善个人信用体系，因而目前银行信贷登记咨询系统主要是为金融机构提供借款人的资信咨询服务，还未面向全社会，只完成了对国有、集体、股份制、私营企业、事业单位信贷信息的登录，对银行发放的消费性贷款以及个人资信信息还未登录。从而使一部分贷款游离于信贷登记咨询系统之外，如消费性贷款，农村信用社的农户贷款、自然人贷款，致使基层各金融机构的个人贷款信息和贷款监督治理出现真空。而且，从当前银行信贷登记咨询系统所录入信息内容看，多数只是录入借款人的生产、经营和资产负债情况，诸如企业破产、倒闭、纳税、诉讼等社会资信信息尚未全部