一、事业单位机构改革的意义和指导思想
党的十四届五中全会提出的跨世纪宏伟蓝图和实行两个具有全局意义的根本性转变，是全党和全国各行业的共同奋斗目标。事业单位分布在政治、经济、人民生活和社会发展等各个领域，集中了我国大部分专业技术人才，拥有大量先进的设备、设施，既是科学研究、理论宣传的骨干力量，又是第三产业的重要组成部分，肩负着社会主义精神文明建设和物质文明建设的双重责任，对于实现跨世纪的宏伟目标，起着至关重要、不可替代的作用。
事业单位机构改革是建立社会主义市场经济体制的客观要求。多年来，事业单位为我国的经济建设和各项社会事业的发展作出了重要贡献。但也要看到，事业单位主要是在计划经济体制下建立和发展起来的，与逐步建立的社会主义市场经济体制还有许多不适应的地方，政事职责不分，社会化程度不高，财政负担沉重，以及缺乏竞争机制和自我发展、自我约束机制，发展和需要有所脱节，内设机构臃肿、人员结构不合理等问题，还比较普遍地存在。同时，在事业单位机构编制管理工作中，还存在着多头审批、盲目发展、缺乏宏观规划的现象。这不仅降低了事业单位的活力和效益，使之难以很好地承担起自身的职责，而且加重了主管部门的管理负担，不利于政府职能的转变。为此，要把事业单位机构改革提到重要的日程。
事业单位机构改革的指导思想是：以邓小平同志建设有中国特色社会主义理论和党的基本路线为指导，按照以江泽民同志为核心的党中央的统一部署，遵循政事分开、推进事业单位社会化的方向，建立起适应社会主义市场经济体制需要和符合事业单位自身发展规律、充满生机与活力的管理体制、运行机制和自我约束机制。改革的基本思路是：建立科学化的总体布局，坚持社会化的发展方向，推行多样化的分类管理，实行制度化的总量控制。
二、遵循政事分开的方向
1．合理划分党政机关与事业单位的职责。事业单位承担的行政管理职责原则上要交归行政机关。对一时难以划分的职责，可以作为过渡，按审批权限经机构编制部门批准或经机构编制部门审核报党委或政府批准，通过授权方式交由事业单位承担。党政机关分离出来的一些辅助性、技术性的工作，事业单位要积极承担起来，以促进机关的职能转变，但不应因行政机构和行政编制数额的限制，将行政机构转为事业单位。
2．现在属于行政机构序列、但以事业性工作为主的政事合一机构，应根据具体情况分别进行调整。政事职责可分开的，在将其行政职责交归有关行政机关承担后，可成建制转为事业单位；目前分开确有困难或不能一步到位的，要积极创造条件，逐步调整到位；政事职责联系紧密，难以划分的，可改为授权承担某些行政性职责的事业单位，不再挂政府机关的牌子。
3．研究建立符合事业单位自身特点的等级规格，逐步取消事业单位机构的行政级别。要根据事业单位的性质、规模、地位作用、社会效益、经济效益等综合指标，着手研究建立既体现事业特点，又不同于行政机构级别的事业单位等级规格，并实现事业单位等级规格的动态管理。
4．规范事业单位的名称。事业单位的名称要体现事业单位的特点，并与党政机关、企业和社会团体的名称相区别。事业单位一般称院、校、所、台、站、社、团、中心等，不再称厅、局、公司、学会等。
三、推进事业单位的社会化
1．改革主管部门对事业单位的管理方式。主管部门对事业单位的管理，主要是政策引导，进行监督，管好领导班子(或只管法人代表)，监管国有资产。事业单位在符合党的方针政策和国家法律规定，保证完成国