机构编制管理是机构编制工作的一项重要的基础工作。多年来，特别是党的十六大以来，按照树立和落实科学发展观，加强党的执政能力建设和构建社会主义和谐社会的总体要求，紧紧围绕中心工作，服从大局，服务于社会这根主弦，我们进一步加强和规范事业单位机构编制管理，促进社会事业发展，取得了一些成绩。但随着社会经济的不断发展和事业单位人事制度改革的深入推进，现行的管理形式越来越难以适应改革和发展的需要，亟待改进和完善。
一、机构重叠设置，职责交叉。
根据机构编制管理“上下对应”的原则，目前，在机构设置中，各地普遍采取“蜂窝煤”政策，只要上面有的，下面就设，也不管是否合理，必须照抄照搬，一一对应。造成资源分散，职责交叉，推诿扯皮、推责争利。例如,多个部门中设置的培训机构、检测检验机构等。
二、编制混杂，人员管理难以区分。
编制使用不规范，一是同一单位几种编制性质的人员并存。在机关既有公务员，也有非公务员，还有占机关后勤编制的事业人员；在同一事业单位同时存在全额、差额、自筹三种性质的人员及编制。二是人员交叉使用，编制与人员脱钩。有机关公务员在事业单位任职，也有事业人员在机关执法，同一个部门人员拉通使用，形成政事不分。有的上级单位借用下级单位人员，主管部门借用下属事业单位人员，造成事业单位有编制、有岗位，不仅无人做事，而且所需专业人才进不去；不仅法人主体不合法，而且也严重影响了事业单位自身的发展。
三、人员结构不合理。
一是专业人才断层。由于近年来加强了人员编制的控制和管理，个别单位人员结构老化，专业人才断层严重，如市属某事业单位有高级人才14名、中级专业技术人员6名，而初级专业技术人员只有1～2名，呈明显的倒“三角”分布状态，出现了严重的人才断层。二是所需专业技术人员较少，工人比例较大。据统计,某部门所属事业单位41名现有人员中，工人15名，占36.6%，已影响到事业单位正常业务的开展。三是专业不对口，用非所学矛盾突出。
四、财政负担沉重，事业发展潜力不足。
一是公益性、经营职能不分，财政统包统揽，负担沉重；二是大量收益用于人头经费，而没有真正用于事业的发展。以财政拨款的事业单位为例，财政拨付经费应以事业单位承担的公益性职能的大小为衡量标准，但现实状况是将财政拨付的经费首先用在养人上，用于公益事业的费用则是寥寥无几，其养人的特征非常明显，而用于公益性建设和科研工作的经费，只能在创收中扣除使用经费自筹及留聘人员费用之后的剩余部分来解决，导致事业单位发展潜力不足，难以适应市场的需要。
综上所述，笔者认为应从以下三个方面抓起：
一、转变观念，创新管理，完善机制。现有的机构编制管理理念，是在长期的计划经济和高度集权的体制框架下形成的，机构编制管理的一个重要目的就是控制机构编制膨胀，减轻财政负担。当今时代，特别是处于社会经济和改革发展的时期，行政管理理念和手段也在不断更新，面对新的发展需要，要创新管理方式，注重资源的使用效益，充分发挥资源的引导作用，科学合理设置机构和配备人员，增加科学性，克服盲目性，减少随意性。切实做到资源共享，效能双赢。
二、规范程序，完善制度，注重协调。长期以来，机构编制部门只管核定编制，而忽略了事后的监督和检查。因此，其管理的重点应从事前向事后转移，注重协调和监督，建立组织、人事、财政、编制、劳动和社会保障部门联席制度，严格一人一卡一证制度，加强 “实名制”管理，杜绝“吃空饷