早在1991年全国审计工作会议上，审计署就明确提出：“既要继续进行财务审计，又要逐步向检查有关内部控制制度和‘绩效审计’方面延伸”。但是，当时着重进行的是对国有企业的经济效益，基本上没有开展对政府部门的绩效审计，因此，这种绩效审计具有很大的局限性。上世纪90年代中期，党政领导干部经济责任审计和专项资金审计得到发展，这体现出绩效审计的思想，但是真正全面推进政府绩效审计还存在很多问题，值得我们深入研究。
一、我国政府绩效审计中存在的问题
（一）审计监督体制不合理，审计机关的独立性不强。
我国宪法规定：“国务院设立审计机关，国家审计署隶属于国务院，地方各级审计机关接受国家审计署和地方政府的双重领导，且以当地政府领导为主。”这样审计机关对政府的绩效审计工作是难以开展的。主要是因为：一是从预算管理上看，政府审计部门的经费来源由本级政府财政部门划拨的，财政部门编制政府预算，同时也执行政府预算。这种经济上的制约关系使得审计部门在对财政部门等进行绩效评价时会有很多顾虑，很难作出独立判断，很难对财政部门的绩效作出客观、公正的评价；二是从审计管理体制上看，我国目前实行的是双重负责的审计管理体制，且从某种程度上看，本级政府对于审计部门工作的领导往往超过了上级审计机关，所以审计部门对本级政府工作进行绩效评价时很难超脱，往往会缺乏独立性、权威性和客观性。
（二）审计制度不健全。
我国绩效审计的法律制度建设还比较落后。从世界范围看，绩效审计已经成为大部分国家政府审计的主流，许多国家已经制定了专门的绩效审计工作制度。如美国最早将绩效审计以法律形式规定下来的文件是《联邦公司控制法案》。1972年，美国会计总署的文件《政府机构、计划项目、活动和职责的审计标准》《standards for audit of governmental organizations，activities and functions》对政府部门及其他非政府部门有公共资金的领域进行绩效审计作了具体规定；英国于1983年《国家审计法》第一次从法律上正式授权英国国家审计部门实施绩效审计；澳大利亚绩效审计起步于20世纪70年代，审计法授权审计长认为合适的时间间隔内，对政府各部、其他政府单位、联邦机构效率审计。而我国没有专门的有关绩效审计的法律，也没有与政府绩效审计相关的审计准则、评价标准、执业规范等。
（三）审计技术落后。
目前，我国财务管理、信息处理、办公基本上实行电子自动化，甚至有的单位完全实行办公自动化，而我国政府绩效审计中的计算机运用还处在起步阶段，没有利用计算机以及审计软件进行辅助审计，这样，审计人员对被审计单位的财务、办公、管理方面等数据处理时会很难，大多数只是处理表面的输入输出资料，对计算机内的程序和文件，很难或根本不能进行检查，有些问题可能就不能发现，这既不能提高工作效率，也不能保证审计质量和审计结论的科学性。
（四）审计责任追究难落实。
这主要有两方面的原因：一是目前不管财务收支审计、经济责任审计，还是政府绩效审计，大多是“事后审计”，具体到政府绩效审计，本届政府往往拿上届政府开刀，委托审计机关进行审计。而对于自身存在问题和漏洞却只字不提，更谈不上主动委派审计机关对自己的失误、错误行