行政机关处理问题的程序是行政性的，具有强权干预特征；代议机关处理问题的程序是议论性的，不具有行动性。这两个权力的性质都不利于处理选举纠纷。要处理选举纠纷，最好还是规定由司法机关来处理，如向检察院举报，检察官出面调查，然后向法院控告，法院受理等。另外，这一条款规定的措词也具有事先定罪的意思，好像已经发生了确凿的不正当选举，只要告知有关部门依法处理就可以了，实际上任何不正当选举行为的举报，都可能是政治性的，都需要通过正当程序来确认。让选举纠纷通过司法程序解决，而不是通过行政和立法程序解决，可以确保依法选举，为村民委员会选举提供法治基础。
《组织法》第十九条规定，村民委员会不及时公布应当公布的事项或者公布的事项不真实的，村民有权向乡、民族乡、镇人民政府或者县级人民政府及其有关主管部门反映，有关政府机关应当负责调查核实，责令公布；经查证确有违法行为的，有关人员应当依法承担责任。这一段的规定，显然是把村民委员会当作乡镇或县政府及其主管部门的下级单位了。一是这一条款为村民委员会指定了自己的主管部门；二是一旦村民有请求，政府及其主管部门就必须调查核实并责令村委会如何做。
从这一规定的内在激励结构来看，它是在发现问题的时候，不鼓励村民利用现有的村民自治内在的民主程序来解决问题，而是在运作上助长县乡政府对村民委员会进行行政干预。对村务公开是否满意，实际上可能是个体意见，也可能是集体认同的意见，或者是有分歧的意见。这时候如果没有首先在村治结构内进行民主运作，个别投诉导致上级政府出面干预，显然不利于真正识别什么是合理的村务公开，什么是违法的村务不公开。如果要确保村民自治，最好是完善村治结构的内部冲突解决程序。在此基础上，再有限引入上级行政调解程序，最后打开司法程序。通过村治内在的民主程序，外在的行政辅助程序，还有被动的司法程序，可以比较好地处理村治的内在冲突。至于“经查确有违法行为的，有关人员应当依法承担责任”，则是画蛇添足了。法治的基本原理，不需要在法律条文里到处重申。
最后，上述三个条款之间也存在矛盾：首先，它规定《组织法》的实施保障机关是地方各级人大常委会和人代会；其次，规定乡人代会和县人大常委会、县乡政府及其有关部门来处理不正当选举问题；第三，规定县乡政府及其有关主管部门处理有关村务公开不当的问题。这三个规定，在逻辑上显然是混乱的。如果规定只有地方各级人大常委会和人代会才有保障权力，县乡两级政府及其主管部门就没有权力来处理不正当选举和政务公开运作问题。如果有权力，则需要把县乡两级政府及其主管部门，也加在里面。
从道理上来说，全国人大是《组织法》的制定机关，自然它也有权保障其实施；各省人代会可以制定实施细则，自然也有权保障《组织法》的实施。所以，简单地规定只有地方人代会及其常委会的权力，并没有什么实际意义。从法理上来看，公民也有保障其实施的权力，因为该法律很多方面的实施都需要村民积极主动。
从这些低质量的规定可以看出，《村民委员会组织法》的制定，实际上是一个行政过程，它带有大量的行政偏好和行政性文件的传统。如何去除其中的行政性因素，凸显法治的原则和价值，给村民自治提供良好的法律基础，可以说是中国村民自治顺利发展的重要挑战。
五、村民委员会的设立与产生
根据《组织法》的规定，村民委员会的设立原则有两个，一是村民居住状况、人口多少，二是便于群众自治。村民委员会的设立、撤销、范围调整，由乡、民族乡、镇的人
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