段与农村发展新阶段结合起来考虑，改变城乡分割的二元结构，工业支持农业，城市带动农村；善于运用系统发展理论，实现农业和农村经济持续快速协调健康发展。
改革的理论要创新。改革是解放和发展生产力的重要途径。我国社会主义市场经济体制尚不完善，深化农村改革的任务仍然很重。要按照党的十六届三中全会《决定》的要求，进一步消除阻碍发展的体制性障碍，努力建成完善的社会主义市场经济体制。实现这一目标，需要在理论上不断创新，为深化农村改革提供支撑。从农村的实际看，维护农民的经济权益是制度建设的根本。目前在农村土地制度建设上，虽然法律赋予了农民长期稳定的承包经营权，但不少地方侵害农民权益的行为还时有发生。解决好这个问题，需要深入研究农村产权制度理论，积极寻求治本之策，深化农村土地制度改革，维护好农民的财产权益。培育农村市场主体是制度建设的重点。目前，农业生产的组织化程度不高，规模效益比较低，不少农产品还缺乏竞争力。解决这个问题，需要深入研究股份制和股份合作制理论，在坚持家庭承包经营的基础上，大胆探索提高农民组织化程度的途径和措施，推进农民专业合作和农业产业化经营。促进农村生产要素的流动是制度建设的关键。目前农村富余劳动力转移就业困难，农村资金外流严重，生产要素难以合理流动。改变这种状况，需要深入研究市场经济条件下的就业理论和金融理论，逐步统一城乡劳动力市场，形成城乡劳动者平等就业的制度，逐步培育和发展农村多元的金融市场，增强金融对“三农”服务的功能，使市场机制在农村资源配置中发挥基础性作用。
管理的理论要创新。农业是弱质产业，农民是困难群体。各国的经验表明，农业的发展离不开政府的扶持。在新形势下，政府对农业的管理应当从计划经济体制下的直接干预为主转变为市场经济条件下的提供公共服务为主。近年来，国家在对农业的扶持和对农民的服务方面有了许多新的突破和积极的变化，但农业管理体制不顺、产加销环节分割、投入使用分散等问题仍很突出。这种状况严重制约着农业和农村经济发展。要按照建立健全农业社会化服务体系、农产品市场体系和对农业的支持保护体系的总体要求，转变政府职能，转变工作方式，切实把政府管理经济的职能转到主要为市场主体提供服务和创造良好发展环境上来。要做到这一点，就需要进行实践的探索和理论的创新，探索和创新新的管理理念和模式，以更好地推动农业行政管理体制改革，逐步建立行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的农业行政管理体制。
坚持正确的方法
理论创新是一项艰苦的工作，“三农”理论的创新更是如此。要在理论创新上有所建树，必须坚持正确的方法。
坚持正确的指导思想。在“三农”理论创新上，必须始终坚持马克思主义的指导地位，高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜。这既是由“三农”理论研究的性质决定的，也是“三农”理论研究坚持正确方向的根本保证。“三农”理论创新要坚持党的思想路线，解放思想、实事求是、与时俱进，把思想认识从那些不合时宜的观念、做法和体制的束缚中解放出来，从对马克思主义的错误的和教条式的理解中解放出来，从主观主义和形而上学的桎梏中解放出来，立足国情，从实际出发，把握“三农”问题的规律，始终站在时代的前列，增强科学性、预见性，掌握农业和农村经济工作的主动权。
善于从实践中汲取营养。理论是对实践的归纳和总结。理论来源于实践，又高于实践，是认识的升华。理论创新只有植根于实践，才能增强针对性，捕捉新亮点，把握时代的脉搏。农民是实践的主体，农民丰富多彩的实践是“三农