，最直接的影响是农业气候条件的影响。由于气候变化，使许多动植物的生长环境改变，环境变化后，引起动植物的生长条件恶化，甚至使他们无法继续生存下去，有的动植物不得不改变自己的生态结构和特征。农业生产在气候条件的影响下，或减少产量，或降低农产品的质量，增产不多，甚至要用高成本才能维持原来的产量，致使农业的增产问题日益严重。
其次，生态的破坏引起自然灾害频繁发生，使农业的生产存在严重的危机。我国98年的特大洪灾使许多人至今还存在恐惧，但是，局部的灾难在我国从没有间断过，自然灾害每年造成的损失，据专家估计远远超出了农业的增长。就湖南西北部最近发生的洪水灾害，对农业的损失不是能靠一两年的增产弥补的。所以，尽管我国农业的局部增长不断，但是农业的危机依然存在，以至成为令人忧虑的"三农"问题。
再次，生态的破坏使农业的生态链得到损害，影响农业的收成。森林砍伐、草地破坏、杀虫剂的过度使用、化肥的滥用，已经使农业的生产在日益退化，不是一般的增加投入或勤劳耕种能解决的问题了，这需要生态的长期恢复和环境的逐步优化才能彻底解决的问题。同时，自然环境的破坏也严重影响着农业的发展，比如许多害虫的天敌减少，使农作物的自然保护能力降低，完全只能靠农药来保护其免遭侵害，这使农产品的毒性增大，对人体的威胁增多，使农业的生产活动存在巨大的危机。
三、生态问题是农村可持续发展的障碍
以上可知，生态问题在"三农"问题的农民、农业中已经成为了一个严重的问题，其实，农村问题的产生的根本原因也是生态问题恶化的结果。这一方面因为农民与农业问题本身就是农村问题；另一方面因为农村的发展必须有一个好的生态环境支撑着。我国农村的主要问题是农村的可持续发展问题，农村可持续发展的关键是一个生态的可持续发展问题，所以也是一个生态问题。生态环境的破坏带来的影响，最终都是农村买单了，我国历来由于生态破坏造成的自然灾害受损失的都是农村，随着社会的发展，农村生态环境正在进一步遭到破坏，农村在为我国的工业化和城市化做出巨大的牺牲。我们今天还可以勉强维持农村发展的生态系统，但是，明天的农村将会在一个怎样的生态环境下发展是一个巨大的问题，也是一个关系到整个民族生存环境的问题。
首先，生态失衡使我国农村的资源正在日益减少，影响农村的可持续发展。我国农村的耕地资源正在被严重损害。我们许多专家提倡用城市化和工业化的道路来化解三农问题，但是，农村的耕地资源正在工业化与城市化中锐减，我们工业发展了，农民变成了市民，但是，市民同样要吃饭，并且变成市民的目的还是想吃的更加好一些。可是生态环境的破坏使的农村的耕地资源在日益减少，农村人口却在继续增加，我国现有1亿农民工和4000万失地农民由于土地资源缺乏而加重农村问题。据国土资源部和农业部的统计，我国耕地面积1996年为19.51亩，到2003年减少到18.51亩，七年间竟减少1亿亩！照此速度，我国耕地能经过几个七年。同时，农村的其他资源也在日益减少。农村发展离不开农村的资源，如上所述，农村土地资源在日益减少，农村的其他资源如水资源，森林资源、草地资源等也在生态破坏中遭到严重的破坏，特别是野生动物资源和野生植物资源，随着农村生态环境的改变，正日益走向灭绝之路。可以想到，当严重到一定的程度时，农村的发展将会成为无米之炊，到那时，即使有十几亿巧妇也不能使农村继续发展了。
其二，农村生态环境的破坏使农村的可持续发展成为严重的问题。由于不合理开发和利用自然环境和资源，我国地大物博的沾沾自喜已经成为昨日的梦想，过度放牧引起的的草原退化、毁林开荒