改革开放以来，特别是党的十四届三中全会把发展商会等市场中间服务组织的作用，规范其行为写进党的决议后，我国的农产品行业协会组织得到了很大的发展，其作用和功能得到了有效的发挥。但是，和我国社会主义市场经济仍处在初级阶段一样，我国的农产品行业协会的发展还很不规范，其功能的发挥还受各种因素的影响。
（一）现阶段我国农产品行业协会自身建设中存在的主要问题
⒈代表性不强
我国的农产品行业协会多是各地自行组建，跨地区的、全国性的较少。目前我国的农产品行业协会大约有的成员来自官员，它成为政府官员分流的一条主要渠道，因此与政府有着千丝万缕的联系。农产品行业协会本该代表企业的利益，是企业之间、企业与政府及企业与市场的中介桥梁，但是因处在政府的不合理管制下，并因政府官员把行政权力带进农产品行业协会，使农产品行业协会长期处于政府行政职能的附属地位，因此它代表的只能是政府和国企的利益。因此，我国的农产品行业协会在会员数量上和行业产量上就缺乏代表性，不能够代表本行业的利益，在国内、国际上统一行动。
⒉职能定位模糊
目前的农产品行业协会，或偏重于管理而服务不够，或偏重于服务却不到位。我国的农产品行业协会多是伴随政府机构改革自上而下产生的，也有部分农产品行业协会是由企业根据自身需要自发组成，为会员服务，这符合农产品行业协会的发展方向。不可忽视的是，近年来，许多地方出现了政府部门“收编”工商联下属同业商会的做法，这反而是一种倒退。这种做法，既不符合农产品行业协会作为非政府组织的属性，也不符合我国政企分开的改革趋势，更不符合的公平贸易原则。
⒊人才缺乏
从目前我国农产品行业协会的人才结构来看，基本以离退休和兼职人员为主。真正属于以协会为工作岗位，专业从事协会工作的人员很少。农产品行业协会人员的年轻化、专业化、知识化更谈不到。据年上海市有关部门对部分农产品行业协会的问卷调查，被调查的农产品行业协会中专职工作人员来源主要来自离退体和内部借调，分别占总数的和，不足来自社会招聘、分配、主管部门任命或其他途径；协会工作人员数量在人或人的分别占总数的和，对专职工作人员的设置期望人或人的分别为和，与实际情况基本相符；工作人员中，在本行业工作年以上的多达，年以上的占总数的，在本协会工作年以上的有，具有大专以上学历的为。这些统计数据，大致描绘了目前农产品行业协会专职工作人员的基本情况，存在的主要问题是工作人员来源没有保证、离退休人中过多，影响协会工作的规范和进一步发展。
⒋经费投入机制不健全
由于覆盖面过窄且非主流会员企业缺乏动力因此使在协会内部筹集资金变得十分困难。国家财政部门又缺乏对农产品行业协会的投入机制，给协会多少财政资助，完全取决于政府职能部门对协会的重视程度。社会投入机制也不健全。会员单位除了交纳会费外，是否要给协会资助以及资助多少，常务理事单位和理事单位是否要比普通会员多给协会一些资助，协会可否接受社会上的其他捐助，尚无政策对之作出规定。投入机制不健全使许多农产品行业协会的办公场地、活动经费和人员等无法落实。在资金紧缺、管理资源匮乏的条件下农产品行业协会通常很难提供充分的信息服务和开展集体协调活动。
（二）现阶段农产品行业协会所面临的外部环境问题
⒈政策支持不够
改革以来，尤其是进入深化改革阶段以来，我国政府一直对农产品行业协会采取鼓励和努力培植的做法。中央政府从政府机构改革入手，通过体制内转型的方法，已经在组织上基本将政府对行业的直接部门管理转移到通过