实行家庭联产承包责任制以来，非凡是实行《村民委员会组织法》后，农村的经济、政治、社会生活各个方面都发生了深刻变化，最集中的体现就是乡、村两级由过去的上下级行政从属关系变成了独立法人间
的法律平等关系，传统体制下形成的平衡关系被打破，农村基层治理体制进入转轨时期。农村出现的很多问题都与这个变化有关。假如还沿用过去一些基层组织建设的工作方法和农村治理的手段，现在显然不适应了。围绕这个变化，我们提出把法律手段作为主要方式来治理农村事务，对农村事务的治理由过去的行政手段为主转为以法律手段为主，并辅以行政的、经济的和乡规民约的手段对农村事务进行有效的治理。这应该是一个方向。
同时，在《村民委员会组织法》实施过程中，由于熟悉和工作不到位，也出现了一些新的不容忽视的问题，有些问题还比较严重，需要我们认真对待。
第一，村委会直选出现了一些带有倾向性的问题。主要有两点：一是一些地方村民自治实际异化成“村主任说了算”，造成“政令不通”。一方面，实行村民自治，从制度上有效地改变了过去村干部“只对上负责，不对下负责”的问题。但是也产生了一种错误的熟悉，有的村主任认为自己是村民选的，所以只向村民负责，消极对待乡镇一级党委和政府布置的工作。另一方面，对村主任或村民委员会的错误做法，甚至违反国家法律和党的政策的行为，缺乏有效的监督和纠正。非凡是在直选中，一些素质不高的人被选进班子。个别村的选举由于受到家族、宗族等势力的左右，大户、大姓当选，导致新当选的干部素质不高，能力不强，有的作风不正，不为民办事，有的还严重侵犯群众利益。还有个别村由于某种原因，把一些违法乱纪的“强人”、“恶人”选进班子，这些村干部上任后横行乡里，为所欲为，外面有些地方甚至有的村干部成为农村黑恶势力，有的打着为民请命、谋利的旗号，与政府对抗，强揽所在地工程，以谋取私利，严重影响了农村经济的发展和社会的稳定。由于缺乏明确的监督主体和监督程序，村民难于实行有效监督，而乡镇一级又无力纠正，形成“政令不通”，个别地方甚至成了“无政府状态”。拿老百姓的话来说，过去是“团长管营长，营长管连长”，现在是“团长能管住营长，营长却管不住连长”（“团长”指区县政府，“营长”指乡镇政府，“连长”指村委会）。二是一些党的基层组织没有学会依法办事。我们的基层组织包括一些街道社区的党组织没有学会依法办事，在选举中从主观愿望出发，违反选民意愿，带有明显倾向性，还是按过去行政命令的办法来主持农村的选举工作，使农民很反感，也给我们的工作带来了被动。
第二，党支部建设出现一些新的情况。主要表现有三点：一是村党支部的作用相对受到削弱，权威性下降。村委会直选以来，大多数村委会都能自觉接受村党支部的领导，正确行使职权。但在村民自治问题上，当前有些地方的干部群众仍存在一些错误的熟悉，认为“村民自治就是村委会说了算”，有的村委会干部认为“你那个书记是三十个、五十个党员选出来的，我这个村长是全村八百口、一千口村民选出来的，所以我这个村长真正是代表了全体村民的利益。”有的地方甚至出现了“村民选干部，不要党支部；支书管党员，主任管村务”的情况，客观上把党员和群众隔离开来，削弱了党支部的领导核心作用。有的出现村委会和党支部互不服气，村委会不接受党支部领导，一些重大决策不征求党支部意见，在一些问题处理上唱“对台戏”。二是党员发展缓慢，党员队伍老化，农村党员比例过低。一些农村只注重发展经济，放松了党的建设，对入党积极分子培养不够，致使农村党员发展缓慢，党员队伍老化。三是受传统的党员发展模式限制，客观上形