一、新农合付费方式适宜模式选择
一）需方付费方式
需方付费方式选择起付线、共付比（补偿比与自付比）封顶线相结合的混合模式。每年依据筹资水平、住院需求和就医选择取向进行测算调整，不断完善农民就医行为调节和就医费用补偿机制。
二）供方付费方式
供方付费方式选择总额预算付费、按病种付费和按项目付费三种方式相结合的混合模式。综合调节医疗机构服务行为，促进提高服务质量，降低成本增加效益，合理控制医疗费用，减轻农民消费负担，提高基金使用效益。
二、新农合支付方式改革运行制度
一）单病种定额付费制度
1.科学测算合理确定单病种定额付费标准。
⑴病种筛选。选择发病率高、诊断明确、治疗方案比较稳定的病种，首批确定急性阑尾炎等75个病种，之后不断总结经验逐步扩大病种范围。
⑵测算方法。以各级医疗机构年至年各病种住院患者费用构成为测算样本，采用正态分布图测算法，找出算术平均数或中位数，抽取年典型病历，结合各定点医疗机构临床路径床日费用构成，组织县新农合专家组研究，剔除不合理费用，增加费用漏项，核定各病种住院费用平均数，然后按照各级医疗机构的起付线、补偿比例、年例均自费费用比例、中医药费用所占比例（均按各机构最大比例计算）计算出补偿费用得出单病种定额付费循征标准。
⑶循征修正。将循征标准发至各定点医疗机构再次进行循证讨论，采纳反馈的合理意见建议进行再次调整，最终得出补偿标准开始试行。试行过程中依据收费标准、药品价格、材料价格、技术发展等因素进行适时修正。
2.供方支付办法
⑴定额给付。县合管局每月按照单病种例数和定额补偿标准向定点医疗机构拨付单病种补偿费用。
⑵超额不拨。若单病种患者住院费用高于测算平均数，则实际补偿费用超出单病种补偿定额的超额部分新农合基金不予拨付。
⑶差额不扣。若单病种患者住院费用低于测算平均数，则实际补偿费用低于单病种补偿定额的差额部分新农合基金不予扣除，仍按补偿定额标准拨付。
⑷年度平衡。合管局按单病种补偿定额拨付的费用与定点医疗机构实际补偿给单病种患者的费用以年度为时段自求平衡。
⑸结余留用。若定点医疗机构在保证服务质量的前提下通过精细化管理，节约服务成本，降低医疗费用，则按补偿定额拨付费用会大于实际补偿费用，形成的结余定点医疗机构留用。
3.需方支付办法
住院治疗的单病种患者出院结算时进入新农合管理省级平台，按照年度住院补偿政策规定的起付线、补偿比、封顶线及补偿项目范围、药品目录等进行结算补偿。按照“一卡通”管理的要求，自付部分由患者刷卡交费，补偿部分由医疗机构垫付。
4.单病种例外原则
⑴例外原则。单病种患者若因特殊个体差异、严重并发症、确诊两种或两种以上疾病者，填写《县新农合单病种定额付费患者例外审批表》主管医师、科室主任、主管院长签字同意，报经合管局审核批准后例外退出，按非单病种患者补偿。
⑵一般原则。若属治疗过程中出现的一般并发症或合并症（如上感、胃肠炎等）治疗费用包含在补偿定额以内，不实行例外原则。
⑶例外比例。各定点医疗机构例外退出单病种患者比例控制在5%以内。
5.临床路径管理
定点医疗机构要认真组织开展临床路径管理，提高精细化管理水平，临床医