为进一步深化水利事业单位分配制度改革，根据中共中央组织部、人事部《关于加快推进事业单位人事制度改革的意见》（人发[2000]78号）和《国务院办公厅转发人事部关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》精神，结合水利事业单位的实际情况，对水利事业单位分配制度改革提出如下意见。
一、改革的指导思想和目标
水利事业单位分配制度改革的指导思想是：以邓小平理论和 “*”重要思想为指导，适应社会主义市场经济体制、新时期水利发展对人才的需求和事业单位试行人员聘用制度的要求，通过改革分配制度，营造吸引人才、留住人才和发挥人才作用的良好环境，建设一支高素质的水利人才队伍，激发水利事业单位工作人员的积极性和创造性，增强水利事业单位的生机与活力，推动水利事业单位的改革和发展。
水利事业单位分配制度改革的目标是：根据国家有关政策，结合水利事业单位的实际情况，对水利事业单位分配制度改革进行分类实施，进一步扩大水利事业单位内部分配自主权，逐步建立重实绩、重贡献、向优秀人才和关键岗位倾斜，形式多样、自主灵活的分配激励机制。
二、改革的基本原则
第一、坚持效率优先、兼顾公平的原则。事业单位职工的收入分配，既要重实绩、重贡献，支持一流人才创造一流业绩，获取一流报酬，合理拉开分配档次，也要兼顾公平，保障基本生活水平。
第二、坚持经济效益与社会效益并重的原则。建立科学合理的事业单位经济效益与社会效益考核指标体系，加强分类指导，实行公正客观考评，合理确定水利事业单位的工资总额。
第三、坚持工资总额增长低于经济效益增长，职工平均工资增长低于本单位人均效益增长的原则。正确处理国家、集体、个人三者利益关系，在经济效益不断增长的基础上，逐步提高水利事业单位职工的收入水平。
第四、坚持技术、管理等生产要素参与分配的原则。允许和鼓励事业单位专业技术人员和管理人员，通过技术成果转化、促进科技进步增加收入，以体现其创造的价值和所做的贡献。
三、改革的主要内容
（一）分类实施，进一步扩大事业单位工资分配自主权
1、行政执行类事业单位：其编制内人员经费和公用经费等基本支出按国家政策标准由国家财政负担。工资制度和工资标准按国家统一规定执行,其中,依照公务员管理人员，执行机关公务员工资制度和工资标准;实行事业单位工资制度的人员，活的部分可自主分配。工资调整按国家政策执行。
2、社会公益类事业单位：包括纯公益性事业单位和准公益性事业单位两类。纯公益性事业单位其编制内人员经费和公用经费等基本支出按国家政策标准由国家财政负担。准公益性事业单位其编制内承担公益性任务的人员经费和公用经费等基本支出按国家政策标准由国家财政负担。社会公益类事业单位执行国家关于事业单位的工资制度和工资标准，固定部分按国家标准执行，活的部分和其他津补贴在核定的工资总额内自主分配。经过批准也可实行岗位工资等工资分配形式。
社会公益类事业单位可在核定的编制内实行工资总额动态包干，增人不增工资总额，减人不减工资总额，节余留用，超支抵扣，单位包干使用。经批准实行人员聘用制、搞活工资分配办法的单位，其工资总额可根据实际情况适当增加。对承担国家和本行业（地区）重大经济社会发展项目或为国家和本行业（地区）经济社会发展做出突出贡献的单位，在核定工资总额计划时，依据社会贡献大小予以倾斜。
3、开发经营类事业单位：其经费通过有偿服务取得。在核定的工资总额内自主分配。
开发经营类事业单位可实行工资总额与经济效益挂钩的办法。通过工效挂钩，工资总额随单位经济效益增长而增长