层干部存在畏难情绪,工作不够主动，宣传发动工作不够深入，致使农民群众对新型农村合作医疗制度和有关政策不够了解，影响了工作的深入开展。
3、资金投入不足. 由于我县属经济欠发达地区，县镇两级财政存在困难，特别是镇级财政资金投入更是不足，工作经费缺乏，直接影响了办公、培训、宣传、发动、调研、检查、督促等储多工作的开展。
4、各项管理制度还不够完善。新型农村合作医疗制度的建立是一项新的工作，在我县虽全面铺开，但还处于摸索阶段，各项管理与监督制度还不完善，个别镇场在登记造册、财务帐务管理、报销手续等方面还存在薄弱环节，审核与监督还不够完善。
四、今后工作措施
1、继续积极引导，提高参合率。建立和完善新型农村合作医疗制度在我县还刚刚起步，工作重点还是应放在怎样引导农民参合上，要组织各地采取各种有力措施，加大宣传力度，积极引导农民参合，力争20*年的参合率达到60%以上，并逐年提高参合率，完成县"十一五规划"提出的到2*0年全县农村合作医疗参合率要达到85%的工作目标。
2、加大资金投入,提高保障水平。县财政要根据经济的发展水平逐年增加农村合作医疗引导资金的配套金额，逐步提高补偿比例与最高补偿限额，尽力加大对农民参合的吸引力。同时要逐步增加农村合作医疗救助资金和工作经费的投入，镇级财政也要逐年增加宣传发动等工作经费的投入，确保农村合作医疗工作正常运转。
3、逐步建立和完善各项规章制度。要严格按照国家、省、市的相关规章制度，加快我县农村合作医疗工作制度建设的步伐，特别要切实抓好我县农村合作医疗资金管理、财务管理、信息管理、监督、考核和奖惩等制度的建立和完善。
4、加大培训力度,提高管理水平。要采取各种形式加大对镇,村农村合作医疗管理工作人员的培训力度,提高他们的政治理论水平和业务知识水平,逐步提高他们的管理工作能力.并通过借鉴外市县先进管理工作经验,结合我县的工作实际,逐步提高农村合作医疗管理工作水平,使农村合作医疗工作走向制度化,科学化,信息网络化。