亚型流感病毒疫情发生和流行的性质、危害程度和波及范围，将新亚型流感病毒疫情划分为一般（ⅳ级）、较大（ⅲ级）、重大（ⅱ级）和特别重大（ⅰ级），依次用蓝色、黄色、橙色和红色进行预警，分别实行ⅳ级、ⅲ级、ⅱ级和ⅰ级应急反应。
流感大流行各阶段由卫生部组织有关专家判定。新亚型流感病毒疫情的分级、预警和相应的应急反应认定、宣布和终止，按照《国家突发公共卫生事件应急预案》执行。
卫生部就疫区的划定和宣布向国务院提出建议，县以上卫生行政部门就当地疫区的划定和宣布向本级政府提出建议。
1、准备阶段
准备阶段是指流感大流行发生前的阶段。人类新亚型流感病毒并不一定最终导致流感大流行的发生，但由于其潜在的大流行威胁，必需做出相应的应急反应。因此，应对大流行的准备阶段包括下列几种情况及应急反应级别。
（1）无应急反应阶段：
无新亚型流感病毒报告。
（2）蓝色预警，ⅳ级应急反应阶段：
人类标本中分离出新亚型流感病毒，但未产生特异性抗体应答，或虽产生特异性抗体应答却未出现临床症状。
（3）黄色预警，ⅲ级应急反应阶段：
人类感染新亚型流感病毒并发病，但未发生人传人。
（4）橙色预警，ⅱ级应急反应阶段：
新亚型流感病毒在人与人之间传播，但传播范围相对局限。
2、大流行阶段，红色预警，ⅰ级应急反应阶段：
出现下列两种情况之一，即为大流行阶段。
（1）新亚型流感病毒在人群中持续快速地传播；
（2）世界卫生组织宣布发生流感大流行。
3、结束阶段
全国流感大流行得到有效控制，由卫生部组织专家，并结合世界卫生组织的有关意见判定大流行结束。
二、组织指挥体系及职责
（一）流感大流行准备工作领导小组
卫生部成立全国流感大流行准备工作领导小组，卫生部分管领导任组长，成员包括办公厅、应急办、医政司、疾控司、科技司、国际司、中国疾病预防控制中心、中国医学科学院、中华医学会、中华预防医学会等部门和单位主要负责人。领导小组下设办公室，负责大流行准备工作的日常事务。
（二）准备工作领导小组职责
1、领导、协调全国卫生行政部门、疾病预防控制机构和医疗机构做好流感大流行预防控制和医疗准备工作
(1) 建立有效的工作机制、责任制和责任追究制；
(2) 制定应对流感大流行年度准备工作计划；
(3) 加强流感监测工作和监测系统建设；
(4) 做好医疗救治和公共卫生干预准备工作；
(5) 定期组织卫生部流感防治专家组分析、评估流感疫情，及时鉴定和评估新流感病毒。
(6) 定期对准备工作落实情况进行督导检查。
2、配合国务院有关部门，建立流感监测信息交流机制和渠道；共同加强疫苗生产能力准备，加强疫苗研发和生产；做好流感大流行药品储备和生产能力准备，加强抗流感病毒药物研发和生产；积极开展流感预防控制技术科学研究；加强与国际组织的技术合作和交流。
3、及时公布有关流感监测信息，发出预警，提出相关措施建议。
（三）准备工作领导小组工作机制
全国流感大流行准备工作领导小组要定期召开会议，及时了解准备工作进展情况，协调解决大流行准备工作中存在的问题，根据科学技术进步和实践经验，及时更新预案，保持预案科学性、实用性和指导性；通过简报等
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