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第二阶段是分析检查阶段，时间安排在4月中旬至5月底，分析检查阶段是一个承前启后的阶段，它既是对学习调研阶段工作效果的检验，又是做好整改落实阶段的基础。
这一阶段的主要任务是认真召开专题民主生活会，深刻查摆思想认识、体制机制、精神状态、工作作风等方面存在的突出问题，精心组织民主评议，多方进行科学论证，形成高质量的分析检查报告。重点是做好三项工作。
（一）继续深化学习调研工作。
时间安排在4月中旬－5月底。要在第一阶段集中学习的基础上，继续组织党员干部研读中央指定的学习内容，进一步紧密联系实际，把深入学习、提高认识、解放思想贯彻学习实践活动的始终。要做到“三个紧密联系”：1、紧密联系当前社会稳定形势，及时化解各种矛盾，着力维护学院稳定；2、紧密联系本院广大党员干部思想实际，不断深化对科学发展观的理解，形成关于学院科学发展的共识；3、紧密联系学院工作以及发展实际，结合查找突出问题，进一步深化、细化调查研究工作。
（二）召开领导班子专题民主生活会。
时间安排在4月中旬－4月底。领导班子专题民主生活会重在分析问题，重在总结经验，重在明确方向。要重点落实好“二会一准备”，即：班子民主生活会、党员组织生活会和召开专题民主生活会的各项准备。
这一环节主要有四点要求：1、把主题确定好。围绕深入贯彻落实科学发展观，紧密联系我院创建省级示范性高职院的目标，确定班子民主生活会和党员组织生活会的主题。2、把问题查找好。要认真查找不适应、不符合创建要求的思想观念问题、工作实践问题，查找影响科学发展的机制体制问题，要深刻分析原因，开展严肃认真地开展批评与自我批评。3、把准备工作做好。民主生活会前，主要做好三方面的准备：一是要采取多种形式广泛征求意见，对征求到的意见要认真汇总、梳理，分别整理出对个人和班子的意见。二是领导班子成员之间要深入开展谈心活动，通过谈心，沟通思想、增进团结、找准问题、形成共识。三是认真撰写发言材料，做好充分准备。4、发言材料要重点把握住三个方面的内容：一是对科学发展观的认识；二是分析检查存在的突出问题；三是今后努力方向和整改措施。
（三）形成领导班子分析检查报告。
时间安排在5月初－5月下旬。分析检查报告要突出以检查分析问题和理清科学发展的思路为重点，充分吸收基层和群众提出的意见和建议，找准存在的突出问题，分析产生问题的根源，明确科学发展的思路，提出加强领导班子建设的具体措施，确保分析检查报告有深度，使之成为一个指导本单位科学发展的重要文件。要重点落实好“两会一评议”，即：征求意见座谈会、党委扩大会议和群众评议。
这一环节主要有五点要求：1、领导班子分析检查报告要要突出检查分析问题、理清科学发展思路、明确改进措施这个重点，做到“四个写清楚”：一要写清楚在学习调研基础上，紧密联系实际，进一步明确贯彻落实科学发展观对本系（直属支部）提出了哪些具体要求、形成了哪些共识；二要写清楚党的十六大以来各系（直属支部）贯彻落实科学发展观的情况，包括取得的成效和存在的问题，存在问题的主客观原因，深入分析产生突出问题的主要根源；三要写清楚各党总支（直属支部）科学发展的主要思路，列出在学习实践活动中可以立即解决的突出问题，列出经过努力在一段时间内要解决的突出问题，提出解决问题的新举措；四要写清楚各党总支（直属支部）按照科学发展观要求加强领导班子自身建设、改进作风的具体措施。
2、各党总支（直属支部）书记要对分析检查报告的总体思路、突出问题、主要原因、对策措施等，提出具体明确的指导意见，全程主持分析检查报告的