工资分配制度改革是事业单位干部人事制度改革的重要组成部分，传统的事业单位工资分配制度已经明显不适应事业单位改革与发展的需要，甚至阻碍了改革的进一步深化，影响了事业单位的可持续健康发展，因此改革事业单位分配制度势在必行。
一、现行工资分配制度存在的主要弊端
现行工资分配制度主要体现干部职工的资历，没有将干部职工对单位贡献大小作为决定其工资水平的主要因素，工资的价值导向出现偏差，工资根据级别和专技职称确定，而目前级别和职称在很大程度上还存在论资排辈，工资档次根据工作年限确定，年终考核只要合格，每2年可以晋升1档工资，工资分配没与贡献大小直接挂钩，不合理的工资分配制度使事业单位干部职工的价值观念产生严重偏差，事业单位已经成为“官本位”和“职称本位”现象的温床，很多干部职工为提高工资水平，不是围绕单位发展开展工作，而是围绕自己的级别和职称开展工作，可以晋升级别和职称的工作，大家便争着干，否则便无人问津，甚至一些人为晋升级别和职称“创造”了一些工作，还有一些人“牺牲工作时间”学了一些与单位发展或自己毫不相干的专业，评了一些与本职工作毫无关联的职称。现行事业单位工资分配制度激励作用差，现行事业单位工资项目繁杂，大部分干部职工对自己该拿多少工资，为什么拿这些工资，都不甚了解，而且工资差距太小，平均主义严重，由此产生的行为方式将是以不犯错误为开展工作的第一考虑要素，工资的激励作用无法充分发挥，从而导致事业单位干部职工工作无开拓性，事业难以取得发展。
二、建立岗位绩效工资制是实行分配制度改革最基本的要求
岗位绩效工资制是以岗位责任为重点，以绩效考核为核心，把职工的工资收入和所从事的工作岗位、绩效挂钩，实行以岗定薪、岗变薪变的工资分配制度。岗位绩效工资制是目前事业单位分配制度改革中，普遍实行的与事业单位人事制度改革密切关联的分配形式，岗位绩效工资分配可以形式多样化，不同事业单位岗位绩效工资制度可以实行不同的实现形式，其主要的基本原则是：“以岗定薪，岗变薪变”，事业单位岗位绩效工资分配方案要合理拉开不同岗位的分配档次，职工工资收入，与岗位职责、工作业绩和实际贡献挂钩。同时单位内部建立上岗、下岗、试岗、转岗等管理制度，职工工资收入随岗位的变动而相应变动。
岗位工资标准的确定应结合本单位经济效益完成情况，人才市场指导价位，国家政策性调整工资情况制订，并适时调整，同一岗位可以设若干工资等级，各岗位工资间应适当拉开差距，重点提高关键性技术、管理岗位的工资水平，向一线倾斜。
福利制度形成档案工资与实际工资相分离的管理办法，各种社会保险费的缴纳基数仍然以档案工资为准，单位对职工工伤、享受产假、婚丧假、年休假，探亲假等有关的福利待遇，须按照有关法律、法规和政策，制订相应制度，或者在岗位合同中明确。
三、以岗位工资制为主的多种分配形式
（一）实行依据单位效益和贡献核定工资总额的办法
在核定的编制内，按照现行工资标准确定单位年度工资总额基数，并结合事业单位经费自给率和财政供给程度，以及事业单位自我发展能力，通过综合考核