2009年全市卫生系统将认真贯彻落实十七大和省市党代会精神，坚持以科学发展观统领全局，紧紧围绕市委市政府“全面达小康，建设新___”的总体要求，加快改革发展步伐，突出农村卫生、社区卫生、公共卫生三大重点，努力构建覆盖城乡的基本卫生保健制度，为建设全国一流的医疗卫生服务基地、实现医疗卫生基本现代化奠定坚实的基础。根据指导思想，结合工作实际，制定了2009年我市卫生事业奋斗目标。
一、跨江发展
1、全面实施“跨江发展”战略，细化目标，落实责任，基本完成现代化医院的基础建设，启动江南、江北的对口帮扶工作，浦口区中心医院建成第一医院分院，六合区人民医院建成鼓楼医院分院，努力提高江北地区的卫生综合实力。
二、农村卫生、社区卫生和妇幼卫生
2、全面巩固小康指标成果，全市新型农村合作医疗村覆盖率100，人均筹资额110元以上，农民参保率97以上，基金使用率90以上，农民实际报销比例不低于30。
3、六城区新（改）建4个社区卫生服务中心，争创1个省级社区卫生服务先进区和6个社区卫生服务示范中心；全面完成农村社区卫生服务中心的改造，年内建成5个省级农村社区卫生服务示范中心。
4、在秦淮区实行全额拨款、收支两条线、药品零差价试点工作的同时，全面推行社区首诊和双向转诊制，力争城市居民和农民到社区卫生服务机构就诊率分别达45和60以上。
5、做好孕产妇和儿童保健工作，全市孕产妇死亡率控制在17/10万以下，婴儿死亡率、5岁以下儿童死亡率分别控制在9‰和12‰以下。
三、疾病预防控制
6、加强疫情监测，抓好重大传染病防治，努力降低传染病发病率，法定报告甲乙类传染病发病率控制在190/10万以下，医疗机构传染病网络直报率达100。
7、做好计划免疫工作，脊灰、麻疹、百白破、乙脑、流脑、新生儿乙肝疫苗接种率达95以上、新生儿24小时卡介苗接种率城区达98、农村达95以上。
8、有效控制急性血吸虫病暴发流行，消灭钉螺面积600万平方米；落实结核病控制策略，发现新涂阳病人1725例；继续开展艾滋病防治的宣传、干预工作，自愿咨询检测人数达到45/10万以上。
9、社区卫生服务中心以上综合医疗机构100开设腹泻病门诊；“02”检索率达10以上，检索数达总人口（含流动人口）的1‰以上。
10、市疾控中心检验项目100达到卫生部、国家发改委制定的a类疾控机构检验能力标准，区县达80。
11、全面推广卫生监督、疾病控制关口前移、重心下沉的做法和经验，在街道（镇）设立卫生监督、疾控中心分支机构，夯实公共卫生网底。
四、卫生监督执法
12、依法履行监督职责，继续在经卫生许可的餐饮单位推行量化分级管理，量化分级率达95以上，卫生监督覆盖率100，食物中毒及时查明率100，力争不发生重大食物中毒事件。
13、50以上的区县卫生监督机构房屋建设、车辆基本符合卫生部标准；卫生监督员持证上岗率达100。
五、应急管理
14、高标准建成“12320”公共卫生咨询服务中心，并完善工作机制。各区县健全突发公共卫生事件应急中心。区县卫生局和市、区县疾控中心、卫生监督所、二三级综合医院（含市第二医院、儿童医院、妇幼保健院、市中医院、胸科医院）设立卫生应急办公室，组建应急