如今新型农村合作医务推行很快,但还是有比较严峻的问题:
一、没有人关心医疗工作者。
做了新型合作医务,医院要展开清单、药费报帐等工作,但大多卫生院不愿意花钱请专人负责,就让医生自己做工作，医生工作量增加，尤其是住院医师。上级医师如副院长，科主任，主治医师都把这些事推到住院院医师的头上。住院医师工作多了怎么有良好的心态更好的服务百姓?
二、农民医疗负担真的减轻了吗？
农民看病要想便宜，医院发工资要增加效益。作为一名医院报帐的工作者，很多农民反映，现在看病是以前看一病费用的三倍。有些病以前是不用住院的，但是为了可以报帐，就只有住院，就多了很多无谓的化验费，住院费。这是为什么呢？从医院来说，医院的各项开销和医生的工资不是财政发款，为了有更高的收入，只有多开大处方，多开各项费用，提高医院的效益。反而增加了农民负担。
三、什么是门诊？什么是住院？
门诊就不能输液？还是输两天液就是住院？交点住院费就是住院？很多乡下卫生院，为了提高效益，允行病人挂床，但需交住院费和三大常规费，凝血三项，肝肾功能，心电图，用就可以“享受”住院报账，很多老百姓为了能报账，就不得不受医院的摆布，多输两天液，多交几个住院费。实际上还是增加了百姓负担。
四、什么药有报，什么没用报？
这个规定形同虚设，没报的药，医生只有跟药房人员协调好，处方开有报的药，拿药的时候拿没报的药，而且再加一条，多不退少补。从长远来看，如果出了医疗事故，最苦的人还是农民。
新型农村合作医疗自 年开始试点以来,快速推进，今年将实现基本覆盖的目标,令人欣喜，但又不免让人担心：太快可能会隐藏某些风险因素（包括这个制度自身的以及外部条件），从而使其稳固性不够。清醒地认识和分析这些因素，采取适当防范措施是当前的一项重要任务。我认为，至少在以下3个方面需要特别关注。
第一，要恰当地把握新型农村合作医疗的性质。传统的农村合作医疗是农民的自治组织，而新型农村合作医疗的政府筹资额度占80％，是政府直接管理的农村社会保障制度的重要组成部分。它对于保障农村的稳定及和谐是不可或缺的。同时，在城乡二元化的基本格局没有实质性改变的条件下，新型农村合作医疗与城镇居民的医疗保险在筹资水平、医疗消费习惯与水平、面对的服务系统等方面都有巨大的差异。因而，不能把新型农村合作医疗办成一种由政府资助的团体商业医疗保险（据我调查，有少数地方的做法实质上就是如此）；也不宜匆忙地把城乡医疗保障制度整合在一起而挤占支付能力较低的农村居民的利益。
第二，新型农村合作医疗制度自身的规范与完善。这个方面涉及4个议题。
1、管理体制的确立和管理能力的建设。管理体制上目前各地大致有3种形式：一是由卫生行政部门主管；二是人力资源及社会保障局主管，或新组建的一个独立机构（直接隶属于地方政府）来管理；三是商业保险公司参与管理。后两者目前的比例很小。这里主要涉及是由第三方（如社保部门）来管理,还是卫生部门“一手托两家”（医疗服务和医疗保障）的争论。新型农村合作医疗还是刚刚建立起来的一种制度，许多事情看得不那么清楚。我认为，短期内不要匆忙改变各自的管理体制现状，可以通过观察、对比和总结，在适当的时候再出台政策，明确新型农村合作医疗的性质和管理体制等问题，从而免去许多不必要的摩擦。
现在，新型农村合作医疗管理人员数量严重不足，素质也有待提高。从长远看，需要建立专门的培养