新课程改革给基础教育带来了生气和活力，同时也给农村学校带来了诸多挑战。
教学手段先进性的挑战 新课程要求教师的教学方式、学生的学习方式、治理者的治理方式发生转变。而这些转变顺利实现的一个前提就是需要有现代化教学硬件做支撑。但是，目前农村学校在新课程实施中普遍面临着教学硬件“跟不上”的现象，有许多学校甚至连一台微机也没有，更谈不上互联网的运用。教师的教学还停留在一块黑板、一本书、一支笔、一张嘴的传统教学上。教师无法通过网络获取知识和信息，影响了教师观念的更新和知识的更新；学校治理仍然是依靠“本本”治理，无法实现治理手段的现代化；学校缺少理化生实验室和必要的实验用品，教师无法进行演示实验教学，学生无法动手实验研究；教室缺少音像设备，有限的光盘、磁带等只能成为摆设，教师即使有好的教学思想、教学设计，也无法在课堂上有效地组织和落实。落后的教学手段给农村基础教育新课程的顺利实施带来了挑战。
教师素质全面性的挑战
基础教育课程改革对教师思想、知识、能力等多方面都提出了更高、更新的要求。目前，从农村学校教师队伍的构成上来看，呈现年龄偏高、学历偏低的特点。部分学校还存在代课教师、非师范类教师，教师整体素质不高，在以下几方面严重制约着农村新课程的实施：
一是思想观念落后。部分老教师受固有传统教学思想影响严重，习惯于运用传统教学模式，存在思想守旧、观念落后、改革创新意识不强、有畏难情绪的现象，缺乏实施新课程的主动性和积极性，认为实施新课程是年轻人的事，与己无关。教学中很自然地还走传统教学的老路，影响了新课程的实施。
二是教师培训落后。做好教师培训工作是顺利实施新课程的基础。教师观念的更新，教材和课程标准的把握，更多要依靠于教师培训工作。可是，目前农村学校普遍存在选送培训和校本培训不到位的现象。
选送培训不到位，主要原因首先在于学校领导熟悉不到位，选送意识不强。同时，很多学校的教师是包班教学，外出就会影响校内教学。其次在于学校办学经费紧张，缺少培训经费。教师不能外出培训，影响了教师教育观念的更新与专业理论知识的完善，影响了现代教育信息的了解和对新课程的把握，不能高标准、高起点地实施新课程的教学工作，学校不能形成实施新课程的骨干教师队伍。校本培训不到位，主要原因在于学校学科教师数量不足，缺少校本培训的师资和条件，开展专业培训和教学研究很难形成氛围并保证质量，校本培训停留在低水平的集中学习材料上，开展有效的研讨式、互动式、参与式、反思式等多种校本培训有很大难度。校本培训缺乏实用性、针对性，不能满足工作所需，不能解决教师教学中发生的问题。
三是教师自学自研落后。新课程强调学科教学内容要具有开放性、交叉性、整合性、综合性，教师传统的专业知识储备已经不能满足实施新课程教学的需要，教师必须加强自学自研，不断“充电”，不断丰富和完善自己的知识结构，把加强自学自研作为职业发展的需要来对待。可是，农村学校由于受地域、经济、硬件等条件限制，可供教师获取知识和信息的资源极为有限。许多学校没有网络，缺少图书。有限的图书得不到及时更新，多数已经过时，有的教学书刊把握在领导手中，得不到有效利用。教师自学苦于没有资料可学，自研苦于没有资料可查，搜集资料，完善知识结构，改进教学策略受到影响，解决教学中碰到的新情况、新问题缺少辅助资料。另外，由于学校学习资源的限制，教师外出培训成果在校内得不到巩固练习和及时消化理解，不能内化和深化，久而久之，出现培训成果的流失。教师自学自研的落后严重影响了教师专业