一、指导原则
1、坚持“安全第一，常备不懈，反应迅速，以防为主，全力救治”的原则；
2、坚持突发公共卫生事件和传染病疫情信息报告、处理责任制原则；
3、坚持传染病早发现、早报告、早隔离、早治疗的原则；
4、坚持统一领导，团结协作的原则。
二、重点落实各项预防控制和医疗救治措施
(一)抓好灾区疾病预防控制。受灾地区要重点抓好预防控制霍乱、伤寒、痢疾、肝炎、钩端螺旋体病、疟疾、鼠疫、乙性脑炎、炭疽等重点传染病的流行和食物中毒事件的发生，把各种疫情扑灭在暴发、流行之前。
1、严格执行疫情报告制度，按照《食品卫生法》、《传染病防治法》及《突发公共卫生事件和传染病疫情监测报告管理办法》明确的报告程序，加强疾病监测和疫情报告，及时掌握疫情动态。救灾防病特殊时期对法定传染病、丙类传染病中的感染性腹泻和食物中毒实行疫情每日报告，并在重灾区建立疫情监测点。县疾控中心要派专业人员深入灾区基层开展疫情监测工作，尤其要加强对重点人群的监测。要建立一般和重点相结合的县、乡、村级监测点，及时分析疫情发展趋势，以便及时采取有针对性的措施。
2、重点抓好水源保护和饮水消毒。保障饮水卫生是预防控制肠道传染病的关键措施。要着重做好分散式饮用水消毒，或鼓励群众喝开水，在没有条件的地方，要推行用漂白粉或漂白精片对饮水进行消毒，饮水消毒措施要落实到每家每户。要划定临时饮水水源区域，并做好水源保护工作。洪水退后要及时组织对分散式和集中式饮用水水源和供水设施进行检修、清理，加强对饮用水的消毒处理，定期进行水质检验。
3、开展爱国卫生运动。要动员广大群众搞好环境卫生，指导群众及时清除、处理垃圾、人畜粪便和尸体。对受淹的住房和公共场所要及时做好消毒和卫生处理。组织消灭蚊蝇、鼠害，重点实施对临时居住点的帐篷和窝棚、临时垃圾点、灾区所有厕所、蚊蝇、鼠类的消杀灭工作和做好蚊蝇孳生地的处理。在重灾区人群较集中的生活区域内垃圾、粪便污染严重的地区重点进行药物喷洒消毒处理。
4、做好灾区食品卫生监督管理工作。县卫生监督所要加大灾区食品卫生执法检查力度，防止群众食用水淹及腐败变质的食品，误食被农药和其它化学工业品污染的食品及毒蕈，保障食品卫生安全。
5、加强灾区健康教育工作。利用一切可以利用的宣传手段和传播媒介，做好群众的卫生防病宣传教育和动员工作。结合灾区的实际情况，因地制宜地把简便易行的各种防治措施和卫生知识教给群众。组织群众制订并执行救灾防病爱国卫生公约，促进群众自觉提高自我防病和自我保护能力。
6、组织开展群防群治工作。充分发挥城乡的三级医疗预防保健网，特别是村、街道、居委会的卫生组织、爱卫会的作用，采取中西结合、土洋并举、分片负责的办法，配备一定的药品器材，开展群防群治，使各项宣传教育、防病治病的技术措施在各个环节得到落实。针对盛夏灾区高温酷暑、灾民居住防护条件差等情况，做好防治中暑的必备药物准备，做好灾区群众中暑的预防工作。
7、做好非灾区的疫情控制工作。夏秋季正是传染病高发季节，鼠疫、霍乱、炭疽、肝炎、伤寒、痢疾、疟疾、乙性脑炎等重点传染病易发生和流行，必须引起高度重视。要认真抓好非灾区传染病防治工作，控制疫情的蔓延和发展。要加强对流动人口的疫情监测，防止疫情的交叉传播。
(二)抓好灾区医疗救治。各级医疗机构要切实抓好灾区伤病员的抢救、转送和治疗工作，协助疾控机构开展