我国现行税收政策规定，一般纳税人购进农业生产者销售的农业产品，准予按照买价的13抵扣进项税款，这一政策有力地促进了农产品收购企业的发展，对解决部分地区出现的“卖粮难”等问题发挥了积极作用。但是，农产品收购企业的税收治理仍存在一些不尽人意之处。如有的农产品收购企业纳税意识较差，经常采取扩大农产品抵扣金额、范围等方式，偷逃税款。如何解决农产品收购企业税收治理中存在的突出问题，完善行业税收治理机制，是当前税收征管中的重点工作。
一、农产品收购企业税收征管中存在的主要问题
1.农产品收购发票治理使用不规范。较之增值税专用发票，税务机关对农产品收购发票的治理力度要小得多，农产品收购发票治理中存在的问题主要表现在两个方面。一是开具不规范，造成以后的稽查难。
现行的农产品收购发票栏目包括出售人、出售人地址、出售人身份证号码等，企业应该如实填写。但因种种原因，部分企业收购发票栏目往往填写不全、字迹也不工整。当对收购发票内容有疑问时，很难与出售人核对，造成对企业的经营行为无据可查。二是虚开、假开现象较多。由于该发票是纳税人自行开具，并可自行抵扣，开多少、抵多少，从而造成征管中的相对真空，假如企业负责人法律意识淡薄，谋求私利，极易造成虚开、假开。
2.个别农产品收购企业受利益驱动，利用收购发票与对方企业共同在增值税上做文章。一种情况是购进时有意不取得或取得进项税额较正常少的增值税专用发票，压低购货价格，从而使对方企业不提或少提销项税额；另一种情况是销售时故意多计货物销售额多提销项税额，从而使对方企业多抵扣进项税额，以上两种情况都会使对方企业少缴增值税。
3.部分国税机关对农产品收购企业的治理存在单纯的“以票管税”观念。如依靠自行开发的农副产品治理软件，忽视了税收治理员的日常监控，未能实行账、票、物相结合的治理方法，造成不能及时发现农产品收购企业多抵进项税，并及时处理。
二、加强农产品收购企业税收征管的对策及建议
1.严格把好发票抵扣关。一是对农产品收购发票票面进行认真审核，看其是否做到项目齐全、内容完整、字迹清楚、计算准确，按照规定的时限、顺序开具，凡有一项不符合要求的果断不予抵扣。二是规范普通发票的开具，对普通发票及数额大的农产品收购发票加强稽核，检查有无应开具增值税专用发票、普通发票而用收购发票代替的现象，对有疑问的发票应及时实地核查。三是严格收购发票的发售，对税负明显过低，而无正当理由的企业，应按《发票治理办法》的规定，暂停其使用收购发票；对有虚开、假开现象企业，一经查实，要及时取消其一般纳税人资格。
2.实行账、票、物相结合的治理方法，规范农产品收购企业税收治理。一是要求企业健全账务，必须建立库存明细账、现金日记账、商品成本账，严格履行仓库保管制度，并督促企业收购的农产品及时入账，做到农产品收购发票、库存明细账与实际库存相符。二是要及时把握企业农产品购、销、存情况。税收治理员应深入企业了解其生产经营情况，考察企业原材料库存，进而核算收购数量，以判定企业收购业务的真实性，并不定期抽查其收购农产品价格、发票填开情况，要求企业按旬报送农产品购、销、存表或做好农产品收购存记录。三是每月计算应纳税额时，要注重收购存是否合理。存货与成本的关系密不可分，按税法规定，企业可在个别计价法、先进先出法、加权平均法、移动平均法、后进先出法、毛利率法及零售价法中任选一种成本计价方法，一经确定，不得随意改变。国税机关应对企业成本计价方法登