现实表明，当前影响科学发展观深入贯彻落实的关键因素，主要表现在三个方面。
一是观念因素。部分干部群众尤其是一些领导干部的思想认识还没有真正统一到科学发展观的科学内涵和基本要求上来，对科学发展观缺乏全面准确的理解，甚至抓其一点不及其余。比如，把坚持科学发展同发展是硬道理、发展是第一要务割裂开来，轻视或淡化发展是第一要义意识；把重视文化和社会建设同以经济建设为中心割裂开来，脱离经济持续增长片面地强调文化和社会建设；把提高经济发展质量同必要的经济增长速度对立起来，不敢理直气壮地强调经济快速稳定增长；不能把解决资源、环境问题同促进经济发展有机地统一起来，顾此失彼。凡此种种，都严重悖离了科学发展观的科学内涵和基本要求，不利于科学发展观的深入贯彻落实。再比如，对坚持以人为本这一科学发展观的核心，缺乏深刻的理解和实际的贯彻，一些地方存在着抽象化、空洞化和片面化现象。有的把坚持以人为本仅仅停留在会议中、文件里甚至口头上，缺乏具体的细化的落实措施；有的把坚持以人为本仅仅理解成工作方法和工作作风，没有把以人为本有机地贯彻到转变发展理念、创新发展模式、拓展发展道路中去；有的把坚持以人为本仅仅理解成帮助群众解决物质层面的问题，而忽视人民群众在政治参与和精神文化方面日益增长的需求，缺乏对人的全面发展的高度关注。凡此种种，都没有把握住科学发展观的真谛与精髓，不利于科学发展观的深入贯彻落实。
二是体制因素。深入贯彻落实科学发展观，关键在于体制和制度。一些地方和部门还没有形成贯彻落实科学发展观的完善体制和长效机制，因而在工作落实上不可避免地存在着主观性、随意性现象。如何真正建立起以人为本的体制和制度，从制度上确保人民群众在经济社会发展中的主体地位和主体作用，还是一个尚未完全解决的课题。如何把发展的全面性、协调性和可持续性用体制和制度加以科学规范，从制度上确保发展的全面协调可持续，也是一个尚未完全解决的重大现实问题。如何正确认识和妥善处理中国特色社会主义事业的各种重大关系，并从制度和体制的层面统筹各方、兼顾全局，仍然是需要下大气力解决的一个重大问题。总之，深入贯彻落实科学发展观的基本要求和各个方面，都迫切需要进一步加强体制改革和制度建设，能否高度重视和着力推进制度建设，直接关系到贯彻落实科学发展观的成效。
三是干部因素。深入贯彻落实科学发展观，提高贯彻落实科学发展观的实际效果，关键在于干部，在于建设一支真正懂得和理解科学发展观、自觉贯彻和实践科学发展观的干部队伍。在这方面，我们面临的任务还相当艰巨。迫切要求提升各级领导干部的素质，用科学发展观武装各级领导干部的头脑、指导各级领导干部的行动。
上述三个方面，相互联系，相互影响：观念不到位，必然严重影响深入落实科学发展观体制和制度的建立，而体制不完善，又对领导干部中一些不符合科学发展观要求的行为缺乏有效的制约与监督。制度问题带有根本性、全局性和长远性，制度建设是根本建设。深入贯彻落实科学发展观，必须在体制改革与制度创新上下功夫，着力建构深入贯彻落实科学发展观的制度安排与体制保障。
要着力建构深入贯彻落实科学发展观的决策体制及其运行机制。一个地区、一个部门、一个单位，能否真正按照科学发展观的要求真正走上科学发展的轨道，首要因素在于决策体制和机制是否完善。这就需要彻底改革“靠权力决策”、“靠经验决策”甚至“靠拍脑袋决策”等等主观主义、官僚主义的决策行为所依托的决策体制，真正把坚持以人为本的核心和全面协调可持续的要求体现在决策体制中，从制度上确保决策的民主性、科学性和依法性。