一、按照毕业设计要求，体现多学科交叉趋势
生物医学工程专业因为属于工科学科，所以要求本科毕业生必须参加毕业设计工作，按照生物医学工程学院的要求，本科生毕业设计时间为6个月，必须完成毕业设计课题一项，完成毕业论文一篇，并通过答辩，方能参加学位申请。毕业设计课题由指导老师和学生共同确定，范围为生物医学与工学相结合领域。
我们按照要求，结合我们自己的专业特点，先后选择了《中医内科学》教学病案库建设、《中医内科学》精品课程网站建设、《中医内科学》网络多媒体课件开发与中医重点学科数据库建设等课题作为学生的毕业设计课题。这些课题体现了中医内科学与计算机技术的结合，是目前多学科交叉发展的趋势，同时，由是我们教研室承担的部分科研和教学课题项目，既能完成毕业设计，又能帮助教研室完成课题研究，同时还能保证课题研究经费。
二、专业指导与能力培养
生物医学工程专业的本科生由于从来没有学习过中医药知识，所以，在课题指导方面，对专业知识的知道尤为重要，否则就不能体现学科交叉课题的特点，完成的课题很可能达不到中医学要求。在进行专业指导时，不同与给中医本科生课堂讲课，只需要告诉他们相应课题中需要体现的中医理论和特色，在完成课题中需要关注的中医内容。例如在完成《中医内科学》教学病案库的过程中，必须让学生了解中医诊病的特点，了解中医望、闻、问、切的具体内容，这样在进行资料整理和剪辑过程中，学生才知道要保留哪些内容和要突出哪些内容。
本科生毕业设计强调的是实践，所以，在指导过程中必须以引导为主，而不是象课堂留作业那样，必须引导学生参与近来，发挥创造能力，从课题设计、技术方法、技术手段，到问题解决、结论总结等，必须体现培养学生实际操作的能力，所以，对每个学生必须经过开题论证，经过专家认可后才能进行课题实施，最后还要通过毕业答辩。这些都保证了毕业设计的实践性和对能力的培养。
三、存在的不足
对生物医学工程专业本科生毕业设计的指导工作刚刚开展2年，在工作中也发现还存在一些不足之处，主要是指导老师对生物医学工程专业的不熟悉，不了解学生所学和长处，只是结合自己本专业的课题展开，比如在《中医内科学》精品课程网站建设的课题中，由于他们从来没有学习过计算机动画制作，在主页上设计制作一幅动画花费了他们一周的时间，其实，对于专业动画制作人员可能几分钟就可以完成。毕业设计工作主要是让学生把本科所学知识应用到实践，同时掌握科研和工作的流程，培养他们动手实践的能力，而不是让他们重新开始学习新的专业知识，所以，在以后的带教中，需要充分结合他们所学知识设计课题，让学生在毕业设计工作中用更多的时间去应用所学知识和进行实践能力的培养。