农业特色产业发展基金项目年度投资计划，一次性拨付给县（区）财政部门，县（区）财政部门按照建设进度向项目单位分期拨付；市属项目由市级财政部门直接拨付项目单位。建设进度达到30%时，拨付基金的50%；建设进度达到50%时，拨付基金的80%；项目竣工验收后，基金全部拨付到位。
对于利用农业特色产业发展基金向项目单位提供贷款担保的，由财政部门或财政部门指定的担保机构向银行出具担保书，与被担保的项目单位或业主签订担保合同，合同条款中要明确双方的权利、责任、义务、违约处理办法等内容。
利用农业特色产业发展基金向项目单位注入资本金的，由财政部门根据农业特色产业发展基金年度投资计划，一次性拨付被注入的项目单位，并与项目单位签订资本金注入合同，合同中要约定资本金注入的数量、比例和利润分成办法等相关条款。
利用农业特色产业发展基金对社会融资实施的项目进行奖励的，由项目单位向主管部门提出申请，经审查符合奖励条件的按程序办理。
第二十一条 对于采用无息借款方式的项目，市、县（区）财政部门在拨付基金前，按照项目隶属关系与基金使用单位或业主签订借款合同，明确收回期限和方式以及违约责任、处罚办法等。收回期限为项目竣工验收后的3-5年，收回方式采用一次性或分期进行，具体根据建设项目特点确定。
第二十二条 采用无息借款方式使用基金的项目建设单位或业主要按照借款合同及时归还基金，不及时归还的按照合同规定进行处罚，并取消以后各类政府投资项目申报资格。
县（区）财政拖欠应上缴市级财政的款额在县（区）当年财政结算中扣还。
第七章 基金的使用和监督
第二十三条 农业特色产业发展基金项目必须按照批复的建设内容组织实施，基金使用要做到专款专用。
第二十四条 项目建设单位或项目业主要自觉接受发展改革、财政、审计及行业主管部门的监督检查，分别在年度中期和年度结束15日内，按照项目隶属关系向发展改革、财政、行业主管部门报告农业特色产业发展基金使用情况。
第二十五条 市级农业特色产业发展基金支持的项目竣工后，县（区）属的项目单位或业主应及时向县（区）行业主管部门提出竣工验收申请，县（区）行业主管部门会同发展改革、财政部门初验后，上报市级行业主管部门会同发展改革、财政部门进行竣工验收。市属项目单位或项目业主直接向市级行业主管部门提出竣工验收申请，市级行业主管部门会同发展改革、财政部门进行竣工验收。县（区）农业特色产业发展基金项目竣工后，由县（区）行业主管部门会同发展改革、财政部门进行竣工验收，分别报市级相关部门备案。
第二十六条 项目实施过程中，项目单位自筹资金及承诺的其它资金不能及时到位的或存在其他违约行为的将停止拨付农业特色产业发展基金。
第二十七条 项目单位在申报项目时弄虚作假、套取或挪用农业特色产业发展基金，一经发现将追回已安排的基金，情节严重的，按照有关法律、法规严肃处理。
第二十八条 对在项目审查审批、资金拨付、收缴中不认真履行职责，造成基金流失无法收回的，将依法依纪严肃追究相关部门和人员的责任。