报科学技术部、财政部审批。经科学技术部、财政部审批的项目正式立项。
第十二条 创新基金项目实行合同治理，正式立项的项目由治理中心与项目承担企业、推荐单位签订合同。
第十三条 创新基金项目资金在合同签订后分两次拨付。
采用无偿资助方式支持的项目立项后拨付70，项目验收合格后再拨付其余资金（第二次拨款）；采用贷款贴息方式支持的项目立项后按企业有效借款合同及付息单据核定的应贴息数额拨付80，项目验收合格后再拨付其余资金（第二次拨款）。
第十四条 治理中心依据合同金额每年分批编制立项项目用款计划，报财政部审批。
第十五条 治理中心每年根据项目验收情况分批编制二次拨款计划，报财政部审核。
第十六条 财政部对治理中心报送的立项项目用款计划和二次拨款计划审核后，将创新基金项目资金指标下达到项目所在地省级财政部门，并按照财政国库治理制度的有关规定办理资金支付。
第四章监督治理与检查
第十七条 省级科技主管部门负责当地创新基金项目的日常监督治理和验收工作；省级财政部门负责对当地创新基金的运作和使用进行监督、检查，参与项目的验收工作；治理中心负责制订项目监督治理和验收的工作规范，组织实施项目监督治理和验收工作，分析总结项目执行情况。
第十八条 项目承担企业应按要求定期填报监理信息调查表（半年报、年报）。省级科技主管部门可委托地市级科技主管部门或国家级高新技术产业开发区管委会对项目执行情况进行检查和监理。治理中心根据企业监理信息调查表、省级科技主管部门的监理意见、省级财政部门的检查意见、实地检查情况等，提出项目执行情况分析报告，报送科学技术部、财政部。
第十九条 省级财政部门、科技主管部门应加强对创新基金项目的跟踪问效。科技主管部门应将本地区项目监理信息汇总情况抄送省级财政部门。省级财政部门要定期抽查项目执行情况，对于所辖地区创新基金使用治理情况提出年度执行情况报告，下一年度4月底前报送财政部，同时抄送治理中心。
第二十条 项目承担企业应严格执行国家有关财经法规、财务规章制度，认真履行合同，科学、合理、有效地安排和使用创新基金拨款，保证专款专用，严禁截留、挪用。
第二十一条 项目承担企业须对项目资金进行单独核算，并接受有关部门的监督治理和检查。无偿资助项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为专项应付款处理，其中：形成资产部分转入资本公积，消耗部分予以核销；贷款贴息项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为冲减当期财务费用处理。
第二十二条 省级财政部门、省级科技主管部门对创新基金项目实行定期检查，治理中心实行重点检查。财政部、科学技术部采取委托有关监督检查部门抽查、社会中介机构检查以及社会监督相结合的方式，加大对创新基金实施过程的监督检查力度。
第二十三条 企业在项目执行过程中如有重大违约行为，将终止合同并采取通报、停止拨款、追回项目资金等相应处理措施。需追回项目资金的，由治理中心负责监督企业将未使用的扶持资金如数上缴国库，已形成资产的将资产变现后上缴国库。
凡违反
创新基金有关治理办法及国家财经纪律、财务制度的行为，将视情节分别依据国家有关法律、法规的规定处理。
第五章附则
第二十四条 本办法自发布之日起施行。创新基金有关规定与本办法相抵触的，按本办法执行。科学技术部、财政部《关于印发<科技型中小企业技术创新基金项目实施方案（试行）>的通知》（国科发计字[1999]260号）同时废止。
第二十五