1994年的税制改革后，我国营业税税制进行了多次调整，其中一个最为显著的改变就是，营业税部分税目借鉴增值税以增值额作为计税依据的做法，从以往传统的流转税价内计征的形式，变为以增值额为计税。这在一定程度上消除了重复征税的弊端，体现了我国大力发展第三产业（提供劳务服务行业）的政策意图。但是，随着市场经济的发展，营业税的某些制度规定显然不适应新的形势，妨碍了营业税整体功能的发挥。
一、营业税税目上存在的问题及建议
我国现行营业税采取应税项目正列举的方式，凡在列举范围内的课税对象属于营业税的课税范围，不在列举范围内的经营行为不征收营业税，我们认为在次环节的规定设计有遗漏。我国现行个人所得税在列举诸多应税所得之后，有一个“其他所得”的税目。“其他”二字，包含的内容相当广泛，既体现了税法的严厉性，也增强了税制对经济发展的适应能力。营业税涉及到的行业众多，情况复杂，但税制中恰恰缺少这样的规定，当出现新的经济现象时，营业税则无法将其纳入征税范围，新的经营项目介于高税率和低税率之间时我们无法明确认定其税目。譬如近年出现的采矿权转让、机动车非凡号码收费，桥梁街道命名权拍卖等，都没有列入或明确界定营业税征税范围，这不仅造成了税收流失，而且使不同经营者之间税负不平衡，有悖于税收的公平原则。这些行为是商业色彩极浓的盈利行为，有必要依靠税收手段进行适当调控。同时针对当今新兴经营项目如泥吧、水吧、保健按摸、足浴、茶艺等的涌现，我们应相应地采取按类似行业确定税目、税率的办法征税。所以，对现行营业税各税目应尽快考虑增加“其他应纳税项目”的规定。
此外，“服务业”税目中餐饮、旅店、洗浴、理发、照相等行业之间的设备档次，服务水平及收费标准相差较大。例如，餐饮业中既有面向普通百姓的小饭馆，也有装饰奢华的大酒店，同一菜肴其价格也不及相同，有的甚至相差好几倍。但其使用税率均为5的比例税率，忽略了不同经营者服务对象和盈利水平的差别，不利于行业内不同规模企业协调发展。就我国现行流转税制而言，在商品的生产流通领域，增值税与消费税分别承担着普遍调节与非凡调节的职能，即在对所有商品普遍征收增值税的基础上对利润较高的消费品再课以消费税，以构建起双层次调解的模式，使产业间利润趋于一致，有利于产业结构稳定。而在非商品流通领域，营业税尚未形成双重次调节的模式，同一行业按同一税率征税，忽略了行业内因企业规模差异形成的利润差异，导致利润率较低的小企业税负过重，生存、发展空间狭小，不利于行业内不同规模企业协调发展，这就要求营业税的税目进一步划分，不同税目的税率应拉开档次，区别设定税率，以体现区别对待政策。现行营业税的税目设置显然不能完全达到这样的目的。因此可以考虑对服务业中的餐饮业、旅店业、洗浴、理发、照相等行业按照其档次、盈利水平等综合因素进一步细分，将“普通消费”与“高消费”的消费活动区分开，分别采用不同的税率进行调解。
二、营业税计税依据上存在的问题及建议
1994年税制改革对有关营业税计税依据作了扣除规定。例如，建筑业中总承包人将工程分包或转包给他人，以工程全部承包额减去付给分包人或转包人价款后的余额作为总承包人的营业额，计算营业税。除此之外，在运输业、保险业、文化演出业、旅游业等若干项目中也有以余额作为计税依据的规定，这种做法消除了对同一营业收入重复征收的弊端。随着营业税税制的不断调整，营业税计税依据吸取了增值税差额计税的特点，如建筑安装业设备抵扣政策规定，更是突破了营业税全额计税的特质，差额征税，进一步减少重复征税范围，具有明显的增值税特征，其意义