农村税费改革以星火燎原之势有效遏止了农村“乱收费、乱集资、乱摊派”三乱之风的蔓延，但是由此引发的问题是深重的，gwku.net乡镇义务教育经费的缺口、基层政权的运转困难、沉重的乡镇债务，财政预算外资金收入大幅度的减少，乡镇财政原有平衡机制的维系失去了依靠，其困境如孤山突兀，从幕后走向前台演绎，风雨飘摇，更加的显性化了。分析其原因，大致有以下几种。
⒈经济发展水平低是乡镇财政的基础原因。目前，我国大部分农村地区经济欠发达，市场化程度不高，农产品加工业尚属初级阶段，难以形成高附加值、高税利的农产品生产、加工系列，工商企业频监倒闭，使得乡镇财政没有充足的财源。
⒉“分税制”不完善使乡镇财政缺乏稳定的高收入来源，支出压力大。年起我国开始实行“分税制”，但至今省以下“分税制”体系采取了不尽合理的基数法，一方面，税收收入一层层向上集中，中央得了“大头”，地方收入相对减少并经过省、市、县三级的层层盘剥，乡镇财政收入逐渐被掏空。税制改革以后，农业税划归为地方税种，虽然刺激了地方政府对农业税的征收工作的积极性，但是随着农业税的免征，支撑乡镇财政的一大主要财力落空，乡镇财政靠微小增幅的工商税收增加财力来自我消化农业税税基，显然是不切实际的。而财政转移支付，对乡镇财政来说，大多还缺乏规范、透明的转移支付办法，没有能科学地配合分税制改革最终落实。另一方面，支出责任却一层层向下转移，中央出台的一些增支政策要靠地方自行消化，使地方财政支出压力加大。落实到具体事务，乡镇财政所承担的大多是一些刚性强、欠帐多、支出基数大、无法压缩的支出。如农村教育、民兵训练、优抚等就基本由乡镇负担了，还有道路、危桥、医疗、文化及其它一些社会福利项目，主要由乡镇配套组织实施，但是资金来源溃泛，完全由乡镇预算负担必将导致资金短缺。乡镇政府没有足够的税收收入来源、显得财权范围小，而事权范围又过大，缺乏与责任相对应的经济财力支撑，仅仅依靠弱势的农村经济和濒临破产的乡镇企业，连最基本的“吃饭问题”都难以解决，更遑论公共建设和公共服务了。
⒊税收管理体制的缺陷加重了乡镇财政困难。目前在乡镇一级，基本是国、地两税均由条条统管，负责工商各税的征收，而乡镇财政只负责征收农业二税和相关收入，这客观上造成了一些扯皮现象。另外，税务部门往往从完成收入任务指标出发，当年任务完成后不愿过多超收，以便为下年“留有余地”，不能做到真正意义上的应征尽征，造成人为的收入流失。再有现在地方政府流行一种“财政收入才是硬政绩”的说法，各级领导关心财政收入是好事，但是为了完成和超额完成当年税收任务，地方政府踏上了引税之路，随之带来的则是大幅度的引税返还和财政收入的虚假繁荣，不能提高财政提供公共品和服务能力，抬高了税基，恶性循环，扰乱了税收秩序。
⒋高昂的招商引资成本，为乡镇财政雪上加霜。目前招商引资是比较热门的话题，各级政府自上而下都有招商引资任务，并直接与干部的升迁、考核挂钩，这就有了必须完成任务的压力，尤其是乡镇政府安排大批干部关门“停业”外出招商，形成了以土地的无偿或低价出让、税收的减免、变相的奖励为成本的招商，政府职能迷失，资源流失，财政收入落空，失地农民的土地补偿款无力偿还，进一步加重了财政的负担。
⒌乡镇政府包揽过多经济管理职能，特别是产权制度改革和兴办合作基金会留下了财政隐患。过去乡镇政府一是直接兴办企业，行政干预多，由于行情不